120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0036 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  98.88 
 
 		 89 bp  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0020  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0038  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  83.15 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0053  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0028  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t071  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000662467  normal  0.0211471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0035  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0037  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00452549 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t065  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000716736  hitchhiker  0.00000000861256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t066  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000841762  hitchhiker  0.00000000876974 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0026  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>