36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6024 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_6024  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.658515  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0029  tRNA-Leu  86.05 
 
 
84 bp  69.9  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49401  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0036  tRNA-Leu  86.36 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  96.77 
 
 
87 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 
89 bp  50.1  0.00009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00150158  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 
89 bp  50.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000356582  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.232524  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00310588  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0049  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000532308  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0018  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00379484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  96.3 
 
 
92 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.151605  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0018  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446903  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0001521  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  96.15 
 
 
93 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0050  tRNA-Leu  93.33 
 
 
83 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.840462  normal  0.934802 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0038  tRNA-Leu  96.15 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0562701  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0035  tRNA-Leu  96.15 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179216  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0035  tRNA-Leu  96.15 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185716  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000210278  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.443541  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>