94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_R0091 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_R0087  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0256242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178769  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA61  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0056  tRNA-Gly  95.77 
 
 		 71 bp  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.869004  normal  0.328325 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0012  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1569  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1604  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t55  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.304327  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6029  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.065223  normal  0.116693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0199  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0016  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.598458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0619  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.152759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0017  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0093  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778252  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0121  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000324083  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4567  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0545  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.3943e-45 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4757  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000781489  hitchhiker  6.01027e-18 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0637  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000118673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5794  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0055  tRNA-Gly  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5721  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.293736  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4618  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000037531  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000014568  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-6  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000146044  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000188578  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0002  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000264392  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4319  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.663542  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00371423  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0005  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000386935  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  2.7190299999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000228413  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0296207  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5710  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000586267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5686  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000717996  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0117  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000414108  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  96.15 
 
 		 141 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0069  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.299902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0066  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000867267  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0089  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0140643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>