165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3377 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0050  hypothetical protein  86.79 
 
 		 508 aa  906    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3377  Berberine/berberine domain protein  100 
 
 		 508 aa  1055    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3700  Berberine/berberine domain protein  96.06 
 
 		 508 aa  990    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0676  putative oxidoreductase, FAD-binding  42.2 
 
 		 685 aa  342  5.999999999999999e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3776  putative oxidoreductase, FAD-binding  42.39 
 
 		 685 aa  339  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3866  berberine/berberine domain-containing protein  42.39 
 
 		 685 aa  339  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3473  putative oxidoreductase, FAD-binding  42.04 
 
 		 553 aa  333  4e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1646  putative oxidoreductase, FAD-binding  42.04 
 
 		 553 aa  333  4e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3077  putative oxidoreductase, FAD-binding  42.04 
 
 		 553 aa  333  4e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2895  oxidoreductase, FAD-binding, putative  41.86 
 
 		 553 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0685436  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0113  hexose oxidase  42.04 
 
 		 553 aa  330  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.258284  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3897  FAD/FMN-containing dehydrogenases  41.86 
 
 		 553 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.370442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3978  FAD/FMN-containing dehydrogenases  41.86 
 
 		 550 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3218  oxidoreductase, FAD-binding, putative  41.46 
 
 		 554 aa  325  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4988  Berberine/berberine domain protein  42.64 
 
 		 529 aa  303  3.0000000000000004e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.332344  hitchhiker  0.00488458 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4665  Berberine/berberine domain protein  40.45 
 
 		 529 aa  281  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.293743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0997  Berberine/berberine domain-containing protein  32.21 
 
 		 539 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.367258  normal  0.977331 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0351  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.56 
 
 		 466 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4892  FAD-dependent oxidase  27.36 
 
 		 444 aa  127  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.070023  normal  0.492965 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0426  FAD-dependent oxidase  26.57 
 
 		 444 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0166645  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1448  histidine kinase  27.47 
 
 		 487 aa  108  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.253596 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1992  FAD linked oxidase domain protein  27.33 
 
 		 479 aa  101  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.918522 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2025  FAD-binding protein  24.56 
 
 		 448 aa  99  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0043  twin-arginine translocation pathway signal  27.65 
 
 		 532 aa  99  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.162495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2203  FAD linked oxidase domain protein  27.27 
 
 		 479 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.614292  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0479  hypothetical protein  27.02 
 
 		 328 aa  97.1  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0479005  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001560  putative oxidoreductase oxygen dependent FAD-dependent protein  26.36 
 
 		 461 aa  95.5  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3469  FAD linked oxidase-like protein  28.81 
 
 		 463 aa  94  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1506  FAD linked oxidase-like  24.85 
 
 		 461 aa  90.5  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2767  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.68 
 
 		 461 aa  90.5  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0847094 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1637  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.31 
 
 		 449 aa  90.1  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3488  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.67 
 
 		 474 aa  87.8  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  normal  0.585034 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0404  putative reticuline oxidase  21.8 
 
 		 448 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.993736  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1775  FAD linked oxidase-like protein  31.46 
 
 		 463 aa  82.4  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.719303 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2459  FAD linked oxidase-like  25.79 
 
 		 479 aa  82  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.6744  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1145  FAD/FMN-containing dehydrogenase  28.42 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2737  FAD linked oxidase domain protein  25.22 
 
 		 459 aa  80.9  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000391962  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10388  glucooligosaccharide oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14340)  26.57 
 
 		 471 aa  80.5  0.00000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.451589  normal  0.284571 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1360  FAD/FMN-containing dehydrogenase  24.15 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00315473  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2763  putative F420-dependent oxidoreductase  41.44 
 
 		 758 aa  80.1  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0639  FAD linked oxidase domain protein  34.09 
 
 		 454 aa  79.7  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1606  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.02 
 
 		 472 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.935495 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00332  FAD linked oxidase, N-terminal  33.33 
 
 		 705 aa  78.6  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2404  FAD linked oxidase domain protein  27.7 
 
 		 495 aa  75.5  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.173158  hitchhiker  0.00629594 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2335  FAD linked oxidase-like  25.54 
 
 		 474 aa  75.5  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.822844  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4422  FAD linked oxidase domain-containing protein  23.48 
 
 		 479 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.344156  normal  0.908517 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4534  FAD linked oxidase domain-containing protein  26.59 
 
 		 490 aa  75.9  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.021743 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2627  FAD linked oxidase domain protein  33.33 
 
 		 468 aa  74.7  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0898791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3657  FAD linked oxidase domain protein  25.45 
 
 		 456 aa  74.3  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0260627  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1085  FAD linked oxidase-like  24.79 
 
 		 478 aa  72.4  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.439426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6331  FAD linked oxidase domain protein  37.76 
 
 		 480 aa  71.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00000929143  hitchhiker  0.000833417 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0408  putative reticuline oxidase  21.99 
 
 		 448 aa  72  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.486233  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1762  FAD linked oxidase domain protein  23.58 
 
 		 499 aa  71.6  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000896481 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0926  FAD linked oxidase domain protein  33.33 
 
 		 764 aa  71.2  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6057  FAD linked oxidase domain-containing protein  26.68 
 
 		 451 aa  70.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3750  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.33 
 
 		 444 aa  70.5  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.589145  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2044  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.01 
 
 		 490 aa  70.5  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.412161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4113  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.67 
 
 		 492 aa  70.1  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.974698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1864  FAD linked oxidase domain protein  33.14 
 
 		 458 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.105212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0518  histidine kinase  25.64 
 
 		 501 aa  69.3  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1411  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.11 
 
 		 891 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7289  FAD linked oxidase domain-containing protein  25.64 
 
 		 542 aa  69.3  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0772845  normal  0.274772 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2430  FAD linked oxidase domain protein  41.28 
 
 		 459 aa  67.8  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000620146  normal  0.138472 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4454  FAD linked oxidase domain protein  34.46 
 
 		 462 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0421641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4911  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.52 
 
 		 465 aa  67.4  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6811  FAD/FMN-containing dehydrogenase-like protein  40 
 
 		 596 aa  66.6  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0318  putative oxidoreductase, oxygen dependent, FAD-dependent protein  28.28 
 
 		 491 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000970405  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0376  FAD linked oxidase domain protein  28.76 
 
 		 753 aa  66.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.169515  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2398  FAD linked oxidase domain protein  25.58 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349533  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01787  conserved hypothetical protein  31.74 
 
 		 479 aa  65.9  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.433483  normal  0.55935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0347  FAD linked oxidase-like  30.61 
 
 		 459 aa  66.6  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.604176  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2448  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.83 
 
 		 476 aa  66.6  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.370857  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06807  conserved hypothetical protein  28.4 
 
 		 982 aa  65.5  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.522291  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1030  FAD linked oxidase domain protein  25.99 
 
 		 477 aa  64.7  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08405  FAD-dependent monooxygenase (Eurofung)  34.88 
 
 		 596 aa  64.3  0.000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5613  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.73 
 
 		 445 aa  64.3  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3666  FAD linked oxidase domain protein  38.17 
 
 		 446 aa  63.9  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3115  putative F420-dependent oxidoreductase  36.05 
 
 		 754 aa  63.9  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129974 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0773  putative FAD/FMN-containing oxidoreductase  32.32 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.563549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3087  FAD linked oxidase-like protein  29.03 
 
 		 752 aa  62.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3377  FAD linked oxidase-like  23.92 
 
 		 473 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0469731  normal  0.191861 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1488  FAD linked oxidase domain-containing protein  23.82 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4792  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.27 
 
 		 462 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.944989 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2543  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.35 
 
 		 456 aa  61.6  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2758  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.58 
 
 		 896 aa  60.8  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2962  FAD linked oxidase domain protein  26.69 
 
 		 465 aa  60.8  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158537  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000469  probable oxidoreductase  28 
 
 		 563 aa  60.5  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0940249  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2260  FAD linked oxidase domain protein  33.05 
 
 		 466 aa  59.7  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00839199  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1767  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.96 
 
 		 484 aa  60.1  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.778905  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5365  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.05 
 
 		 464 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.874918 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1694  FAD-binding protein  31.58 
 
 		 894 aa  58.9  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7882  FAD/FMN-containing dehydrogenase  35.71 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2583  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.8 
 
 		 896 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15241 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3376  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.48 
 
 		 726 aa  58.9  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.082286  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4651  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.21 
 
 		 462 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.338628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2650  FAD linked oxidase domain-containing protein  30 
 
 		 896 aa  58.2  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4807  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.84 
 
 		 507 aa  58.5  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658991  normal  0.754825 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0060  putative oxidoreductase, oxygen dependent, FAD-dependent protein  24.5 
 
 		 465 aa  58.2  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11802  oxidoreductase  30.22 
 
 		 446 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00547261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2842  FAD linked oxidase domain protein  28.89 
 
 		 864 aa  57.4  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0215386 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>