More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4647 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4647  LacI family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  684    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0134194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1198  LacI family transcription regulator  66.17 
 
 		 337 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4950  putative LacI family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 341 aa  205  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213435  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 		 346 aa  199  5e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4142  LacI family transcription regulator  35.17 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0119  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.74 
 
 		 347 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0810079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4672  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.09 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0363  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 360 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1025  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.41 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 333 aa  155  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  34.93 
 
 		 334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  31.85 
 
 		 334 aa  152  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.82 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  32.34 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 332 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1875  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.73 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.398277  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.65 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.27 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  36.28 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  30.64 
 
 		 347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 348 aa  146  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.03 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.03 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.03 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.03 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.03 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.03 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.03 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  30.87 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.91 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.75 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 337 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.14 
 
 		 347 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 346 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.19 
 
 		 329 aa  142  9e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  30.95 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  29.61 
 
 		 346 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  31.75 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.16 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.81 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  32.63 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0271  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  28.03 
 
 		 336 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 381 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.25 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 334 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  32.57 
 
 		 335 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.16 
 
 		 337 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.66 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  28.88 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.63 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  31.73 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.85 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.64 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.31 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.31 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.33 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.89 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 		 336 aa  136  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.14 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 342 aa  137  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  31.15 
 
 		 334 aa  137  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  26.67 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 363 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 		 357 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 332 aa  136  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 		 356 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  26.69 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  31.61 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  27.35 
 
 		 337 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 345 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.09 
 
 		 341 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.4 
 
 		 337 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.34 
 
 		 341 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6517  putative transcriptional regulator, LacI family protein  35.61 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  30.95 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  30.04 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  29.76 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>