More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4142 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4142  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 333 aa  670    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0363  LacI family transcription regulator  42.02 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4647  LacI family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0134194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4672  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.04 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1198  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4950  putative LacI family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213435  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0119  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.74 
 
 		 347 aa  166  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0810079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 368 aa  153  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 346 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  33.13 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  32.42 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  32.12 
 
 		 334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.86 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 349 aa  142  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  32.13 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  32.24 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.27 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 357 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 391 aa  139  7e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.73 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  29.23 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.93 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  28.83 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 347 aa  138  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.64 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 353 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.64 
 
 		 340 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 342 aa  135  8e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1286  putative DNA-binding sucrose operon transcriptional repressor transcription regulator protein  29.38 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.597152 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  27.11 
 
 		 340 aa  135  9e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 340 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.3 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.71 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  30.63 
 
 		 346 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 		 357 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.06 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  32.26 
 
 		 342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 363 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 341 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  30.49 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3367  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.15 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00871192 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.89 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.69 
 
 		 337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  28.32 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  26.41 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  26.11 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  29.31 
 
 		 332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  30.51 
 
 		 346 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.28 
 
 		 343 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  30.28 
 
 		 343 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.28 
 
 		 343 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  30.28 
 
 		 343 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  26.89 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 358 aa  129  7.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 358 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  26.25 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  26.97 
 
 		 333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  29 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  27.49 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  26.89 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3964  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0147565  normal  0.0529978 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  28.62 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  29.09 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  30.69 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.7 
 
 		 328 aa  126  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.44 
 
 		 386 aa  126  7e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  27.05 
 
 		 332 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1824  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.021809  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  29.64 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  29 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.91 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  27.03 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>