More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3367 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3367  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  651    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00871192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  49.25 
 
 		 353 aa  304  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3559  transcriptional regulator, LacI family  50.9 
 
 		 339 aa  289  6e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.156963  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  48.19 
 
 		 342 aa  287  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  49.25 
 
 		 334 aa  283  3.0000000000000004e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.18 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38350  transcriptional regulator  45.35 
 
 		 343 aa  239  6.999999999999999e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0710  transcriptional regulator, LacI family  41.87 
 
 		 334 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6931  transcriptional regulator, LacI family  44.82 
 
 		 315 aa  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  38.37 
 
 		 332 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  43.29 
 
 		 326 aa  225  7e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.16 
 
 		 352 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0058  LacI family transcription regulator  40.63 
 
 		 338 aa  202  6e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 346 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 346 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  39.82 
 
 		 346 aa  189  7e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  37.99 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.61 
 
 		 347 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.22 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  33.54 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.01 
 
 		 353 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  38.21 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.33 
 
 		 356 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  34.56 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  34.38 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.61 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  34.37 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  34.06 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  35.99 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 		 357 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.96 
 
 		 341 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.51 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.66 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.64 
 
 		 341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  35.74 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  35.74 
 
 		 332 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.34 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 		 360 aa  172  9e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.21 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  35.74 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  35.74 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  34.15 
 
 		 333 aa  172  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.04 
 
 		 340 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.16 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  35.44 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.93 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  35.44 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  33.75 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.37 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.37 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  36.76 
 
 		 348 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  34.37 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  34.37 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  34.94 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  35.14 
 
 		 330 aa  169  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  35.14 
 
 		 330 aa  169  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  35.14 
 
 		 330 aa  169  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  34.83 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.63 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  34.07 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  36.36 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  33.86 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  34.06 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.44 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.06 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.26 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.62 
 
 		 341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.62 
 
 		 341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.62 
 
 		 341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.12 
 
 		 333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.1 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  34.83 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.08 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  34.83 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  34.31 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.47 
 
 		 341 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 337 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  36.84 
 
 		 328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.86 
 
 		 341 aa  162  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.46 
 
 		 355 aa  162  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>