More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4071 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3560  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.46 
 
 
407 aa  635    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4071  putative formyl-CoA transferases/L-carnitine dehydratase  100 
 
 
391 aa  798    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0818051  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.44 
 
 
398 aa  484  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.31 
 
 
394 aa  471  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2995  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.02 
 
 
398 aa  447  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233271  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.13 
 
 
415 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4617  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49 
 
 
388 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0237  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.97 
 
 
419 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.02 
 
 
398 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0608  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.5 
 
 
398 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.08 
 
 
404 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0421788  normal  0.0185484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.81 
 
 
423 aa  345  6e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.436186  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3315  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.57 
 
 
403 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.44 
 
 
401 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.559073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.48 
 
 
408 aa  335  9e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3565  putative Formyl-CoA transferase  44.73 
 
 
401 aa  332  6e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.89 
 
 
383 aa  330  3e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.34 
 
 
409 aa  330  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3863  Formyl-CoA transferase  45.41 
 
 
426 aa  327  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.859373  normal  0.485093 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0178  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.76 
 
 
432 aa  327  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.207633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.56 
 
 
400 aa  326  5e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15496  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.97 
 
 
383 aa  325  1e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.251236  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4564  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.62 
 
 
403 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419878  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7488  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.45 
 
 
406 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.800783  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.44 
 
 
385 aa  323  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.64 
 
 
417 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.29 
 
 
381 aa  322  9.000000000000001e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.446104 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4490  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.44 
 
 
404 aa  317  3e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.274729  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4403  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.44 
 
 
404 aa  317  3e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269703  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.18 
 
 
388 aa  315  8e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.940519 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4784  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.19 
 
 
404 aa  315  9e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873877  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  42.49 
 
 
403 aa  313  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  42.78 
 
 
424 aa  311  1e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.77 
 
 
473 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.653273  normal  0.0775315 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.83 
 
 
395 aa  306  3e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3999  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
397 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1334  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.18 
 
 
421 aa  300  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000214497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.19 
 
 
413 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.35 
 
 
384 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.09 
 
 
401 aa  289  6e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111208  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3797  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.25 
 
 
404 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0818  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.01 
 
 
409 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.5 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0445  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.69 
 
 
405 aa  274  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225942  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2501  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.11 
 
 
390 aa  272  6e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0222  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.01 
 
 
406 aa  259  7e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  37.71 
 
 
406 aa  232  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  36.98 
 
 
568 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  36.98 
 
 
577 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.98 
 
 
544 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  36.98 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  36.98 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  36.98 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  36.98 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  36.43 
 
 
389 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.41 
 
 
406 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
446 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  36.43 
 
 
401 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.53 
 
 
406 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.17 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.92 
 
 
406 aa  212  9e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  33.58 
 
 
406 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
406 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
406 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  36.55 
 
 
416 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
452 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.69 
 
 
416 aa  209  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
406 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  33.76 
 
 
421 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  32.16 
 
 
393 aa  207  3e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
433 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.76 
 
 
395 aa  206  5e-52  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.52 
 
 
418 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
404 aa  206  6e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
406 aa  206  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 
396 aa  205  1e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.67 
 
 
413 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 
426 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2336  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.57 
 
 
401 aa  205  1e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000535701  normal  0.0935751 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.48 
 
 
407 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.17 
 
 
395 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.48 
 
 
407 aa  203  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.38 
 
 
418 aa  203  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
415 aa  203  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  35.2 
 
 
382 aa  203  5e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.81 
 
 
424 aa  203  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.38 
 
 
418 aa  203  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.26 
 
 
413 aa  202  7e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 
406 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4014  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
399 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
389 aa  202  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
407 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.35 
 
 
406 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.76 
 
 
418 aa  200  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.74 
 
 
426 aa  199  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 
406 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.59 
 
 
415 aa  199  6e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2478  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
402 aa  199  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  decreased coverage  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
415 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.92 
 
 
401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>