More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1195 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
389 aa  786    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2501  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.58 
 
 
390 aa  407  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1334  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.81 
 
 
421 aa  318  7e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000214497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.95 
 
 
398 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0608  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.86 
 
 
398 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3315  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.31 
 
 
403 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0237  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.05 
 
 
419 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.42 
 
 
415 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.25 
 
 
409 aa  291  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.45 
 
 
404 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0421788  normal  0.0185484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.94 
 
 
401 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.559073 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  43.91 
 
 
403 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4617  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.91 
 
 
388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3863  Formyl-CoA transferase  45.35 
 
 
426 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.859373  normal  0.485093 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0445  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.03 
 
 
405 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225942  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.06 
 
 
385 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4784  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
404 aa  280  3e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873877  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  43.54 
 
 
424 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.37 
 
 
383 aa  278  1e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.53 
 
 
395 aa  278  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3999  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.96 
 
 
397 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4490  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.84 
 
 
404 aa  277  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.274729  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.79 
 
 
400 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15496  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4403  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.84 
 
 
404 aa  277  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269703  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.8 
 
 
417 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.18 
 
 
383 aa  273  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.251236  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4564  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.39 
 
 
403 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419878  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.23 
 
 
413 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.27 
 
 
388 aa  271  1e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.940519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3565  putative Formyl-CoA transferase  40.62 
 
 
401 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0178  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.32 
 
 
432 aa  271  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.207633 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.74 
 
 
381 aa  271  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.446104 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.76 
 
 
423 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.436186  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4071  putative formyl-CoA transferases/L-carnitine dehydratase  43.5 
 
 
391 aa  266  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0818051  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.76 
 
 
398 aa  265  7e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.27 
 
 
384 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7488  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.26 
 
 
406 aa  260  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.800783  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0818  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.16 
 
 
409 aa  259  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
408 aa  259  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.4 
 
 
401 aa  255  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111208  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.15 
 
 
473 aa  254  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.653273  normal  0.0775315 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2995  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.5 
 
 
398 aa  243  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233271  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
394 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3560  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
407 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0222  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.49 
 
 
406 aa  227  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3797  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.69 
 
 
404 aa  204  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.09 
 
 
403 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.26 
 
 
405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.73 
 
 
422 aa  196  6e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  34.18 
 
 
419 aa  196  7e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 
407 aa  194  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.21 
 
 
406 aa  193  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
406 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  34.28 
 
 
383 aa  189  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  33.16 
 
 
406 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.46 
 
 
389 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
406 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
406 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.93 
 
 
406 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.51 
 
 
412 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
406 aa  188  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  32.24 
 
 
407 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
544 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
406 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
577 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
568 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
406 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
406 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.38 
 
 
406 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
406 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  32.25 
 
 
406 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.38 
 
 
406 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.99 
 
 
433 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.64 
 
 
426 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  31.97 
 
 
407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.15 
 
 
386 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
407 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.11 
 
 
406 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5651  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.66 
 
 
387 aa  183  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4014  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.22 
 
 
399 aa  183  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.88 
 
 
424 aa  183  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.13 
 
 
406 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.08 
 
 
388 aa  182  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
400 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  31.44 
 
 
406 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.55 
 
 
406 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.23 
 
 
406 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.38 
 
 
406 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1760  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.46 
 
 
400 aa  180  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.37 
 
 
413 aa  180  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 
410 aa  179  9e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.11 
 
 
399 aa  179  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  32.55 
 
 
448 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.44 
 
 
406 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.02 
 
 
415 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.95 
 
 
418 aa  177  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.17 
 
 
406 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.05 
 
 
418 aa  177  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.71 
 
 
426 aa  177  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>