231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4127 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4127  cytochrome c oxidase, subunit I  100 
 
 
550 aa  1095    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1267  cytochrome c oxidase, subunit I  80 
 
 
547 aa  854    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4322  cytochrome c oxidase subunit I  59.48 
 
 
529 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.779311  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2125  Cytochrome-c oxidase  58.47 
 
 
550 aa  616  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02325  cytochrome c oxidase subunit transmembrane protein  57.17 
 
 
550 aa  597  1e-169  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.839682  normal  0.1031 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4623  cytochrome-c oxidase  54.23 
 
 
554 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.965901 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1618  cytochrome c oxidase subunit transmembrane protein  53.66 
 
 
535 aa  525  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2375  cytochrome c oxidase subunit I  48.67 
 
 
518 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000274948  hitchhiker  0.0000294452 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1434  cytochrome c oxidase, subunit I  44.7 
 
 
494 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.514067  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3777  Cytochrome-c oxidase  33.8 
 
 
711 aa  276  8e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000584965  normal  0.0167995 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5783  Cytochrome-c oxidase  36.02 
 
 
711 aa  274  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162807  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2871  cytochrome-c oxidase  36.12 
 
 
572 aa  257  4e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0957235  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5323  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  31.94 
 
 
701 aa  241  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0486329  normal  0.183371 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1237  cytochrome c oxidase subunit I  32.8 
 
 
467 aa  236  7e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.190025  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2074  cytochrome c oxidase subunit I  33.41 
 
 
463 aa  236  8e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1218  cytochrome c oxidase subunit I  34.23 
 
 
477 aa  233  6e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.748796  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1356  cytochrome-cbb3 oxidase, subunit I  34.51 
 
 
462 aa  233  8.000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0150575  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3040  cytochrome c oxidase subunit I  32.57 
 
 
467 aa  233  8.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3562  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  32.75 
 
 
736 aa  232  1e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.754921 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2484  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  33.26 
 
 
717 aa  231  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.102603 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2537  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  32.6 
 
 
727 aa  231  4e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.725968  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2250  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.97 
 
 
547 aa  231  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3332  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  34.22 
 
 
496 aa  230  5e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.260717  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1332  cytochrome c oxidase subunit I  33.55 
 
 
473 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.299675  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0629  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.63 
 
 
485 aa  229  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0101776  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2092  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  35.1 
 
 
549 aa  228  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196444  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0102  Cytochrome-c oxidase  31 
 
 
463 aa  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128893 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1171  cytochrome c oxidase, subunit I  34.08 
 
 
473 aa  228  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.230017  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1586  cytochrome c oxidase subunit I  32.88 
 
 
468 aa  227  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0158  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  34.06 
 
 
495 aa  226  9e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.363228 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0643  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  34.7 
 
 
473 aa  226  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000439174  normal  0.556458 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1801  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  35.6 
 
 
546 aa  225  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0121  cytochrome c oxidase subunit I  31.66 
 
 
463 aa  226  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1806  cytochrome c oxidase subunit I  33.86 
 
 
461 aa  225  1e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1230  cytochrome c oxidase subunit I  33.55 
 
 
473 aa  225  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.28043  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3000  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.19 
 
 
496 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0591739  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0338  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.69 
 
 
484 aa  224  4e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0297011 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5926  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.58 
 
 
557 aa  221  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.657948 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3782  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.97 
 
 
478 aa  219  7.999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0141509  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1119  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  34.54 
 
 
500 aa  219  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.549677  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0453  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.13 
 
 
480 aa  219  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.922197  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1104  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.21 
 
 
485 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0460465  normal  0.978944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.01 
 
 
482 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16787  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1880  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  32.74 
 
 
486 aa  218  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.152701  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1197  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.21 
 
 
485 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.98 
 
 
479 aa  218  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451969 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4962  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.48 
 
 
540 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515468  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3928  cytochrome c oxidase, subunit I  33.92 
 
 
468 aa  218  2.9999999999999998e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.350751  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0939  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  32.57 
 
 
482 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1084  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.56 
 
 
479 aa  217  4e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1000  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.56 
 
 
479 aa  217  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1523  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.6 
 
 
479 aa  217  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.279283  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1919  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  31.05 
 
 
488 aa  217  5e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0713  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  34.01 
 
 
475 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000329894  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1170  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  35.02 
 
 
486 aa  216  7e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1363  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.41 
 
 
491 aa  216  7e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.41805 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2044  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.33 
 
 
482 aa  216  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0265889  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0378  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.44 
 
 
489 aa  215  9.999999999999999e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.056136  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2818  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.04 
 
 
479 aa  216  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.170885  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1276  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.47 
 
 
485 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5935  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.03 
 
 
539 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.137652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2437  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.11 
 
 
547 aa  215  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.645998  normal  0.705393 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6268  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.03 
 
 
539 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.749064  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1930  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.88 
 
 
478 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0955  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32 
 
 
468 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1995  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  33.33 
 
 
474 aa  213  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.833948  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1053  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.09 
 
 
477 aa  213  7.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0569715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02303  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.89 
 
 
477 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0081  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.77 
 
 
497 aa  211  2e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0206763  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0902  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.12 
 
 
494 aa  211  3e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.26 
 
 
478 aa  211  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.605339 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0784  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.49 
 
 
493 aa  210  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1277  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.96 
 
 
476 aa  210  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552433  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0202  Cbb3-type cytochrome oxidase subunit 1-like  30.63 
 
 
483 aa  210  7e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.529083  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02054  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.93 
 
 
477 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.02911  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2353  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.63 
 
 
472 aa  209  7e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000365597  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0661  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.02 
 
 
533 aa  209  9e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0020  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.11 
 
 
548 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0778  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.26 
 
 
493 aa  209  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0015  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.62 
 
 
550 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1138  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  30.59 
 
 
712 aa  209  1e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00103071  normal  0.843172 
 
 
-
 
NC_004310  BR0363  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.77 
 
 
541 aa  207  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1882  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.13 
 
 
474 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.357562  normal  0.746133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2792  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.67 
 
 
539 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.36314 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1532  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  32.12 
 
 
563 aa  207  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.94152 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003467  cytochrome c oxidase subunit CcoN  32.13 
 
 
475 aa  207  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4305  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.33 
 
 
477 aa  207  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0405155  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0374  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.87 
 
 
488 aa  206  7e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.366227  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0631  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.94 
 
 
472 aa  206  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.479145  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1836  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.95 
 
 
488 aa  206  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.67019  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1965  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.85 
 
 
476 aa  206  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.18845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0017  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.96 
 
 
548 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5230  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.73 
 
 
550 aa  206  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0375516  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2111  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.73 
 
 
550 aa  206  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3464  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1399  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.08 
 
 
488 aa  206  1e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0469  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.33 
 
 
541 aa  205  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222667  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0379  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.54 
 
 
541 aa  205  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2512  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.21 
 
 
475 aa  204  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3659  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  32.64 
 
 
557 aa  204  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.323256 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2478  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.72 
 
 
480 aa  204  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.154036  normal  0.0907357 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>