264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02325 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02325  cytochrome c oxidase subunit transmembrane protein  100 
 
 
550 aa  1091    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.839682  normal  0.1031 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2125  Cytochrome-c oxidase  92.36 
 
 
550 aa  981    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4322  cytochrome c oxidase subunit I  70.93 
 
 
529 aa  781    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.779311  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4127  cytochrome c oxidase, subunit I  58.18 
 
 
550 aa  631  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1267  cytochrome c oxidase, subunit I  58.66 
 
 
547 aa  607  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4623  cytochrome-c oxidase  55.27 
 
 
554 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.965901 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1618  cytochrome c oxidase subunit transmembrane protein  53.57 
 
 
535 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2375  cytochrome c oxidase subunit I  49.51 
 
 
518 aa  473  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000274948  hitchhiker  0.0000294452 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1434  cytochrome c oxidase, subunit I  44.69 
 
 
494 aa  363  4e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.514067  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5783  Cytochrome-c oxidase  37.16 
 
 
711 aa  277  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162807  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3777  Cytochrome-c oxidase  34.31 
 
 
711 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000584965  normal  0.0167995 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2871  cytochrome-c oxidase  35.38 
 
 
572 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0957235  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2044  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.28 
 
 
482 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0265889  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0453  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.93 
 
 
480 aa  230  5e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.922197  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1218  cytochrome c oxidase subunit I  32.73 
 
 
477 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.748796  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.52 
 
 
482 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16787  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1363  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.93 
 
 
491 aa  227  3e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.41805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2818  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  33.19 
 
 
479 aa  227  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.170885  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1586  cytochrome c oxidase subunit I  31.13 
 
 
468 aa  224  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1171  cytochrome c oxidase, subunit I  33.18 
 
 
473 aa  224  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.230017  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1523  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.81 
 
 
479 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.279283  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1237  cytochrome c oxidase subunit I  30.73 
 
 
467 aa  223  7e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.190025  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1276  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.92 
 
 
485 aa  223  7e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2537  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  29.44 
 
 
727 aa  223  9e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.725968  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4305  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.72 
 
 
477 aa  223  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0405155  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2074  cytochrome c oxidase subunit I  30.8 
 
 
463 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1356  cytochrome-cbb3 oxidase, subunit I  31.42 
 
 
462 aa  221  3e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0150575  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3040  cytochrome c oxidase subunit I  30.51 
 
 
467 aa  221  3e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1332  cytochrome c oxidase subunit I  32.51 
 
 
473 aa  220  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.299675  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1104  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.05 
 
 
485 aa  220  6e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0460465  normal  0.978944 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1197  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.05 
 
 
485 aa  220  6e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0643  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  31.51 
 
 
473 aa  219  7e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000439174  normal  0.556458 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1230  cytochrome c oxidase subunit I  32.51 
 
 
473 aa  219  7e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.28043  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0338  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.44 
 
 
484 aa  219  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0297011 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1053  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.58 
 
 
477 aa  219  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0569715  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1277  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.39 
 
 
476 aa  219  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552433  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1119  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  32.32 
 
 
500 aa  219  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.549677  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3782  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.4 
 
 
478 aa  219  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0141509  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3332  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.59 
 
 
496 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.260717  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1882  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.57 
 
 
474 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.357562  normal  0.746133 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0378  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.78 
 
 
489 aa  218  2e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.056136  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1806  cytochrome c oxidase subunit I  31.35 
 
 
461 aa  217  5e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0713  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.74 
 
 
475 aa  217  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000329894  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1930  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.17 
 
 
478 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2092  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.65 
 
 
549 aa  216  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196444  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02054  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.89 
 
 
477 aa  216  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.02911  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1995  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  31.96 
 
 
474 aa  216  9e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.833948  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20010  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.14 
 
 
480 aa  216  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003467  cytochrome c oxidase subunit CcoN  30.13 
 
 
475 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.64 
 
 
479 aa  214  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451969 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.5 
 
 
478 aa  214  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.605339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2478  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.21 
 
 
480 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.154036  normal  0.0907357 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2484  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  29.22 
 
 
717 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.102603 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02303  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.05 
 
 
477 aa  214  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0102  Cytochrome-c oxidase  30.97 
 
 
463 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128893 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0081  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.94 
 
 
497 aa  213  7.999999999999999e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0206763  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2073  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.63 
 
 
479 aa  213  9e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0157886  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0121  cytochrome c oxidase subunit I  30.7 
 
 
463 aa  212  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0158  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  30.75 
 
 
495 aa  212  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.363228 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0902  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.38 
 
 
494 aa  212  1e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1000  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.93 
 
 
479 aa  212  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1084  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.93 
 
 
479 aa  212  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1563  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.44 
 
 
476 aa  211  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.123879  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0778  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.98 
 
 
493 aa  211  3e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0202  Cbb3-type cytochrome oxidase subunit 1-like  31.32 
 
 
483 aa  211  3e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.529083  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3562  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  28.03 
 
 
736 aa  211  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.754921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4255  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.85 
 
 
480 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.438372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3820  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.85 
 
 
480 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1613  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.85 
 
 
480 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00989974  hitchhiker  0.00775448 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1791  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.59 
 
 
478 aa  211  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398025  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0629  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.67 
 
 
485 aa  210  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0101776  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3573  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.85 
 
 
480 aa  210  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1801  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.17 
 
 
546 aa  210  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0374  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.93 
 
 
488 aa  210  7e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.366227  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0631  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.08 
 
 
472 aa  209  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.479145  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0784  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.07 
 
 
493 aa  210  7e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1919  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  29.52 
 
 
488 aa  209  9e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1170  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  32.13 
 
 
486 aa  209  9e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5935  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.61 
 
 
539 aa  209  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.137652 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6268  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.61 
 
 
539 aa  209  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.749064  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0939  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  29.77 
 
 
482 aa  209  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2599  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  30.37 
 
 
479 aa  208  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00049011  normal  0.717457 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2211  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  28.76 
 
 
475 aa  207  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2353  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.13 
 
 
472 aa  207  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000365597  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1744  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.19 
 
 
496 aa  206  7e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0654781 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2214  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  28.63 
 
 
478 aa  206  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000208976  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3000  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.94 
 
 
496 aa  206  9e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0591739  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1836  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.61 
 
 
488 aa  206  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.67019  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1399  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.73 
 
 
488 aa  206  1e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2425  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  28.33 
 
 
474 aa  206  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0408104  hitchhiker  0.0000966631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3413  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  28.79 
 
 
480 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0737361 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5323  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I/II  29.08 
 
 
701 aa  205  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0486329  normal  0.183371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1851  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.25 
 
 
477 aa  205  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000190326  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3928  cytochrome c oxidase, subunit I  33.72 
 
 
468 aa  204  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.350751  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2250  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  31.55 
 
 
547 aa  205  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2604  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.45 
 
 
480 aa  205  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000152837  normal  0.741537 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1959  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.52 
 
 
478 aa  205  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0873293  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5926  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  30.04 
 
 
557 aa  204  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.657948 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2422  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  29.71 
 
 
490 aa  204  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.505766  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1985  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  28.76 
 
 
475 aa  204  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279534  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>