More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1930 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3782  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  90.17 
 
 		 478 aa  891    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0141509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1791  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.57 
 
 		 478 aa  726    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398025  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2201  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.94 
 
 		 478 aa  729    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00427716  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1523  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  85.8 
 
 		 479 aa  841    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.279283  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4250  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.15 
 
 		 474 aa  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4255  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  69.47 
 
 		 480 aa  697    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.438372 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1985  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  71.46 
 
 		 475 aa  714    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1959  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.36 
 
 		 478 aa  729    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0873293  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1276  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  77.09 
 
 		 485 aa  748    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1995  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  75.22 
 
 		 474 aa  723    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.833948  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2425  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  71.67 
 
 		 474 aa  715    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0408104  hitchhiker  0.0000966631 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  87.34 
 
 		 478 aa  818    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.605339 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2364  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.52 
 
 		 478 aa  724    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02054  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.35 
 
 		 477 aa  709    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.02911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2004  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  68.81 
 
 		 480 aa  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1744  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  69.61 
 
 		 496 aa  678    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3413  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  67.37 
 
 		 480 aa  688    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0737361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0778  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  65.48 
 
 		 493 aa  661    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0713  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  78.68 
 
 		 475 aa  772    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000329894  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3573  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  69.69 
 
 		 480 aa  695    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  75.42 
 
 		 482 aa  760    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16787  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0631  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.45 
 
 		 472 aa  711    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.479145  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0338  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  65.87 
 
 		 484 aa  640    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0297011 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0643  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  74.2 
 
 		 473 aa  733    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000439174  normal  0.556458 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2170  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.94 
 
 		 478 aa  729    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00937158  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003467  cytochrome c oxidase subunit CcoN  73.52 
 
 		 475 aa  734    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4487  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.94 
 
 		 478 aa  729    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3436  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  66.89 
 
 		 480 aa  655    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.411817  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0939  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  74.57 
 
 		 482 aa  727    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1104  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  76.77 
 
 		 485 aa  770    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0460465  normal  0.978944 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1823  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  69.91 
 
 		 480 aa  695    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1827  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  70.61 
 
 		 474 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2512  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  67.18 
 
 		 475 aa  661    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3816  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  71.94 
 
 		 474 aa  723    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1170  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  86.11 
 
 		 486 aa  818    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1053  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.61 
 
 		 477 aa  713    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0569715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2214  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.94 
 
 		 478 aa  729    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000199184  normal  0.656675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2211  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.3 
 
 		 475 aa  717    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2604  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  69.56 
 
 		 480 aa  722    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000152837  normal  0.741537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3820  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  69.91 
 
 		 480 aa  698    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20010  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  70.88 
 
 		 480 aa  721    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1930  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  100 
 
 		 478 aa  962    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1000  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  85.18 
 
 		 479 aa  818    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2422  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  70.3 
 
 		 490 aa  695    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.505766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1563  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.87 
 
 		 476 aa  727    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.123879  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2214  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.69 
 
 		 478 aa  723    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000208976  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4305  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  84.75 
 
 		 477 aa  810    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0405155  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1784  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.05 
 
 		 476 aa  704    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1851  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  71.85 
 
 		 477 aa  719    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000190326  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3569  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.09 
 
 		 474 aa  721    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0784  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  66.32 
 
 		 493 aa  665    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2044  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  74.68 
 
 		 482 aa  751    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0265889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02303  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.31 
 
 		 477 aa  732    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2220  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.94 
 
 		 478 aa  729    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00351736  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2073  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.33 
 
 		 479 aa  697    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0157886  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1613  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  69.47 
 
 		 480 aa  697    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00989974  hitchhiker  0.00775448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1618  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.15 
 
 		 474 aa  724    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.772604  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1277  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  78.6 
 
 		 476 aa  771    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552433  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0453  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  76.56 
 
 		 480 aa  763    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.922197  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2006  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.52 
 
 		 478 aa  724    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00103508  hitchhiker  0.0000000337866 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  85.05 
 
 		 479 aa  838    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451969 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1969  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.52 
 
 		 478 aa  724    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00116918  normal  0.0108998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2599  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  71.91 
 
 		 479 aa  718    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00049011  normal  0.717457 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3777  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  70.51 
 
 		 475 aa  709    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1882  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  76.69 
 
 		 474 aa  731    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.357562  normal  0.746133 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0958  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  68.58 
 
 		 475 aa  686    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0979649  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1197  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  76.77 
 
 		 485 aa  770    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2010  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  71.73 
 
 		 475 aa  726    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000523358  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2478  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  83.65 
 
 		 480 aa  796    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.154036  normal  0.0907357 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3773  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.29 
 
 		 475 aa  735    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10500  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  68.58 
 
 		 475 aa  685    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40510  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  65.52 
 
 		 480 aa  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44340  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  73.29 
 
 		 475 aa  735    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44370  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  70.3 
 
 		 475 aa  707    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1084  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  85.18 
 
 		 479 aa  818    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2107  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  72.52 
 
 		 478 aa  724    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000291531  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1363  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  76.77 
 
 		 491 aa  764    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.41805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2818  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  83.9 
 
 		 479 aa  801    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.170885  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2353  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  64.06 
 
 		 472 aa  633  1e-180  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000365597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0629  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  64.07 
 
 		 485 aa  629  1e-179  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0101776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4962  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  63.79 
 
 		 540 aa  625  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2092  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  64.76 
 
 		 549 aa  624  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196444  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0469  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  62.33 
 
 		 541 aa  608  1e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222667  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0363  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  61.45 
 
 		 541 aa  602  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3332  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  63.02 
 
 		 496 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.260717  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2578  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  63.27 
 
 		 548 aa  601  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0379  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  61.23 
 
 		 541 aa  598  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3000  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  62.8 
 
 		 496 aa  598  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0591739  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1676  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  62.39 
 
 		 552 aa  601  1e-170  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0696  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  61.68 
 
 		 535 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.375098  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2351  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  61.68 
 
 		 535 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.244675  normal  0.258232 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5015  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  63.73 
 
 		 540 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1532  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit I  63.13 
 
 		 563 aa  595  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94152 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0661  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  61.02 
 
 		 533 aa  593  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0534  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  61.47 
 
 		 535 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.483999 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5935  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  63.66 
 
 		 539 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.137652 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2545  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  62.63 
 
 		 534 aa  593  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.199988  normal  0.933965 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6268  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  63.66 
 
 		 539 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.749064  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0459  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  61.06 
 
 		 555 aa  591  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306699  normal  0.0526078 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3857  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I  60.51 
 
 		 532 aa  589  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>