78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1841 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1841  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 165 aa  334  2.9999999999999997e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00146422  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  57.33 
 
 		 241 aa  175  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.67 
 
 		 241 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  55.1 
 
 		 230 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  55.33 
 
 		 241 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4022  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  57.55 
 
 		 183 aa  168  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000610281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  55.13 
 
 		 183 aa  167  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  56.43 
 
 		 209 aa  167  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0629  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  52.82 
 
 		 162 aa  164  6.9999999999999995e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0377495  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6031  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  57.75 
 
 		 245 aa  153  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.492399  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2528  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  53.57 
 
 		 183 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.146735 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4051  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit  59.65 
 
 		 180 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.329633 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  33.08 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3002  TRAP transporter - DctQ subunit  32.33 
 
 		 183 aa  83.2  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 189 aa  82  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2787  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.58 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000522738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3674  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.8 
 
 		 194 aa  74.3  0.0000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1090  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.95 
 
 		 165 aa  70.5  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0890905  normal  0.431557 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.04 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.48 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1025  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.09 
 
 		 185 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.045195  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.46 
 
 		 164 aa  49.7  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.77 
 
 		 156 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3367  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 187 aa  48.9  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.06 
 
 		 161 aa  48.5  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3135  C4-dicarboxylate transporter, putative  22.62 
 
 		 219 aa  48.5  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1113  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.83 
 
 		 183 aa  48.1  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0271  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.03 
 
 		 173 aa  47.8  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3144  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.95 
 
 		 165 aa  47.4  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.36824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3619  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.8 
 
 		 198 aa  47  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.67 
 
 		 195 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.11 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.97 
 
 		 214 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.39 
 
 		 214 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.02 
 
 		 214 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0654  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.39 
 
 		 183 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.197985  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3247  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.68 
 
 		 174 aa  45.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178122  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.63 
 
 		 186 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.5 
 
 		 180 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30 
 
 		 192 aa  45.1  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.45 
 
 		 168 aa  45.1  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.61 
 
 		 206 aa  45.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  23.48 
 
 		 181 aa  44.3  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  30.61 
 
 		 206 aa  44.3  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2033  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  27.66 
 
 		 732 aa  44.3  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2484  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  27.01 
 
 		 170 aa  44.3  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0291342  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0023  permease (transport protein)  28.42 
 
 		 159 aa  44.3  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.352968  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2444  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.7 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 167 aa  43.9  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.97 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3213  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.64 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  25 
 
 		 232 aa  42.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.67 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  30.08 
 
 		 165 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0343  hypothetical protein  25.52 
 
 		 182 aa  42.4  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.42 
 
 		 207 aa  42.4  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  23.64 
 
 		 178 aa  42.4  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  25 
 
 		 207 aa  42.4  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0359  hypothetical protein  25.52 
 
 		 182 aa  42.4  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.537959  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4769  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.28 
 
 		 190 aa  42.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107599 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  19.08 
 
 		 234 aa  42.4  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  18.57 
 
 		 185 aa  41.6  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1556  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.87 
 
 		 198 aa  42  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2871  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  20.67 
 
 		 202 aa  41.6  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3769  hypothetical protein  18.9 
 
 		 179 aa  41.6  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  17.65 
 
 		 193 aa  41.6  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4819  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.56 
 
 		 190 aa  41.6  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.579916 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1445  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.58 
 
 		 212 aa  41.6  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.361291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  19.65 
 
 		 214 aa  41.2  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3518  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.72 
 
 		 211 aa  41.2  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00174485 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.55 
 
 		 174 aa  41.2  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1604  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  25 
 
 		 161 aa  40.8  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.078531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.7 
 
 		 171 aa  40.8  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 161 aa  40.8  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1875  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  27.48 
 
 		 183 aa  40.4  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00459438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  25.41 
 
 		 170 aa  40.4  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2923  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.24 
 
 		 210 aa  40.4  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.640281 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>