61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2528 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2528  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 183 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.146735 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  76.44 
 
 		 183 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4051  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit  69.32 
 
 		 180 aa  204  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.329633 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.71 
 
 		 230 aa  190  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  57.42 
 
 		 241 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  58.71 
 
 		 241 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  57.42 
 
 		 241 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  57.24 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4022  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  51.93 
 
 		 183 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000610281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0629  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  54.97 
 
 		 162 aa  168  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0377495  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1841  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  53.96 
 
 		 165 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00146422  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6031  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.25 
 
 		 245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.492399  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  28.97 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.33 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3002  TRAP transporter - DctQ subunit  33.56 
 
 		 183 aa  75.9  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2787  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.79 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000522738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3674  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.85 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3965  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.03 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  26.72 
 
 		 185 aa  52.8  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3619  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.88 
 
 		 198 aa  52  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.13 
 
 		 151 aa  51.2  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1025  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.14 
 
 		 185 aa  50.8  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.045195  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.95 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.71 
 
 		 161 aa  49.3  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.75 
 
 		 193 aa  49.3  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.79 
 
 		 156 aa  49.3  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  26.23 
 
 		 170 aa  47.8  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0984  TRAP transporter DctM family protein  34.29 
 
 		 631 aa  47.4  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1707  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  28.28 
 
 		 161 aa  47.4  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.1 
 
 		 167 aa  47.4  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.17 
 
 		 622 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  26.62 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02559  hypothetical protein  26.96 
 
 		 187 aa  46.6  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.26 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.62 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.9 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  25 
 
 		 181 aa  45.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2136  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.03 
 
 		 245 aa  45.8  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2593  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.32 
 
 		 183 aa  45.4  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480245  normal  0.0803761 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6993  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.05 
 
 		 631 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.800495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  30.52 
 
 		 165 aa  45.1  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.82 
 
 		 159 aa  45.1  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2930  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.19 
 
 		 178 aa  44.7  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  25.96 
 
 		 178 aa  44.7  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.29 
 
 		 214 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.43 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.28 
 
 		 214 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28 
 
 		 187 aa  44.3  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1090  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.94 
 
 		 165 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0890905  normal  0.431557 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  27.89 
 
 		 628 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.28 
 
 		 214 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.21 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0023  permease (transport protein)  25.74 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.352968  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4747  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 186 aa  42.4  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331023  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4819  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.26 
 
 		 190 aa  42  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.579916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0113  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.85 
 
 		 219 aa  42  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4769  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.17 
 
 		 190 aa  41.6  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107599 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.91 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.415474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.46 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.62 
 
 		 225 aa  41.2  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  21.37 
 
 		 216 aa  40.8  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>