92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1090 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1090  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  100 
 
 		 165 aa  330  6e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0890905  normal  0.431557 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.05 
 
 		 187 aa  108  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.26 
 
 		 241 aa  67.8  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.26 
 
 		 241 aa  67.8  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1841  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.25 
 
 		 165 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00146422  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  31.43 
 
 		 170 aa  65.5  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  25.17 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.77 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.4 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.09 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.61 
 
 		 209 aa  61.2  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0330  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  27.74 
 
 		 180 aa  60.8  0.000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0629  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.46 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0377495  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2787  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.37 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000522738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.93 
 
 		 187 aa  55.1  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.57 
 
 		 177 aa  52.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.65 
 
 		 225 aa  52.4  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6031  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.36 
 
 		 245 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.492399  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 180 aa  51.6  0.000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.8 
 
 		 183 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4022  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.69 
 
 		 183 aa  52  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000610281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.57 
 
 		 207 aa  51.6  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.57 
 
 		 207 aa  51.6  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3002  TRAP transporter - DctQ subunit  24.11 
 
 		 183 aa  50.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2923  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.03 
 
 		 210 aa  50.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.640281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2094  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.57 
 
 		 628 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.386051  normal  0.0954493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.89 
 
 		 186 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2369  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.57 
 
 		 628 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193075  normal  0.0167467 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.53 
 
 		 214 aa  48.9  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.18 
 
 		 214 aa  48.9  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3644  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.4 
 
 		 620 aa  48.9  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173742 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3543  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.47 
 
 		 165 aa  48.9  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.186116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3078  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30 
 
 		 632 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.26 
 
 		 622 aa  48.9  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3135  C4-dicarboxylate transporter, putative  25.31 
 
 		 219 aa  48.9  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3674  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26 
 
 		 194 aa  48.5  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2210  C4-dicarboxylate transporter, putative  29.76 
 
 		 213 aa  47.8  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 176 aa  47.8  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.5 
 
 		 195 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.81 
 
 		 180 aa  47.4  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.53 
 
 		 214 aa  47.4  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6142  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.76 
 
 		 619 aa  47.4  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.7 
 
 		 164 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.88 
 
 		 214 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3758  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.11 
 
 		 168 aa  47  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.27 
 
 		 193 aa  46.6  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6354  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  25.41 
 
 		 623 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.4 
 
 		 192 aa  46.2  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3083  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.48 
 
 		 186 aa  46.2  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  0.232987 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3351  tripartite ATP-independent periplasmic  23.2 
 
 		 160 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3420  tripartite ATP-independent periplasmic  23.2 
 
 		 160 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.336165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3521  trap-type c4-dicarboxylate transport system, small permease  23.2 
 
 		 160 aa  45.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.524477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.63 
 
 		 180 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4858  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.15 
 
 		 205 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1551  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.31 
 
 		 218 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.202687  normal  0.417908 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2891  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.28 
 
 		 222 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2950  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.31 
 
 		 218 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0521342  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3083  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.69 
 
 		 224 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.502464  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  25.18 
 
 		 234 aa  45.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2825  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.31 
 
 		 218 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.192724  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.31 
 
 		 218 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4051  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit  25 
 
 		 180 aa  45.1  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.329633 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  24.29 
 
 		 224 aa  45.1  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0353  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.19 
 
 		 197 aa  44.7  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0563377  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.39 
 
 		 175 aa  44.7  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1536  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  27.73 
 
 		 638 aa  44.7  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0263  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  26.23 
 
 		 624 aa  44.7  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3426  tripartite ATP-independent periplasmic  22.4 
 
 		 160 aa  44.3  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0957  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.27 
 
 		 173 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.614161 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3835  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.73 
 
 		 172 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0823774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3615  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  27.87 
 
 		 646 aa  43.5  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0581669  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4220  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.17 
 
 		 207 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0174615 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0933  ribosomal protein S3  29.82 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0261181  hitchhiker  0.0059553 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1445  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.44 
 
 		 212 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.361291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4632  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  24.39 
 
 		 624 aa  42.4  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248929  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2034  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.35 
 
 		 179 aa  42.4  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00133922  normal  0.0453092 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.63 
 
 		 174 aa  42.4  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4121  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.62 
 
 		 210 aa  42.4  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.12 
 
 		 628 aa  42.4  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0271  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 173 aa  42  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  25.37 
 
 		 168 aa  42.4  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2741  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.36 
 
 		 626 aa  42.4  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.359375  normal  0.0328397 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0560  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.91 
 
 		 625 aa  42.4  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4386  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  26.79 
 
 		 628 aa  42  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.575529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  25.17 
 
 		 619 aa  41.6  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1549  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component-like  26.14 
 
 		 174 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.170274  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.8 
 
 		 181 aa  41.2  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02559  hypothetical protein  24.42 
 
 		 187 aa  40.8  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1725  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.94 
 
 		 210 aa  40.8  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529876  normal  0.24696 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.11 
 
 		 171 aa  40.8  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1931  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.79 
 
 		 640 aa  40.8  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4737  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.81 
 
 		 172 aa  40.4  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.222644  normal  0.72371 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>