42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3452 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  100 
 
 		 206 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  99.51 
 
 		 206 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  83.62 
 
 		 177 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.366338 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  69.49 
 
 		 180 aa  218  7e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4929  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  35.39 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.371415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.86 
 
 		 159 aa  63.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.86 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.87 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  27.33 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2484  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.33 
 
 		 169 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.01974 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1376  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.33 
 
 		 169 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.76 
 
 		 168 aa  58.9  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.37 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1412  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.95 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210554  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0113  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.97 
 
 		 219 aa  55.1  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4737  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.79 
 
 		 172 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.222644  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2338  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.92 
 
 		 169 aa  53.5  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.613317 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.88 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1875  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  27.27 
 
 		 183 aa  52  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00459438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3298  hypothetical protein  34.78 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.16 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1778  hypothetical protein  26.76 
 
 		 200 aa  48.5  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442336  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1773  hypothetical protein  27.45 
 
 		 169 aa  48.5  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110118 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  26.26 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3158  TRAP transporter-DctQ subunit putative  28.57 
 
 		 165 aa  45.8  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2484  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  23.12 
 
 		 170 aa  45.8  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0291342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  26.14 
 
 		 181 aa  45.4  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1781  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.84 
 
 		 197 aa  45.1  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000929504 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.68 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5035  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.56 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.45 
 
 		 241 aa  43.5  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.89 
 
 		 167 aa  42.7  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.42 
 
 		 183 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.46 
 
 		 176 aa  42.4  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0996  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 168 aa  42.4  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2322  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  27.27 
 
 		 168 aa  42.4  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31669  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3805  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.99 
 
 		 196 aa  42  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.969823 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0610  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.71 
 
 		 184 aa  42  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.809519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.95 
 
 		 183 aa  41.6  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3545  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.96 
 
 		 188 aa  41.6  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.940799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2544  TRAP-type transport system, small permease component  28.93 
 
 		 168 aa  41.6  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1607  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.1 
 
 		 168 aa  41.2  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0881746  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>