64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5135 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 189 aa  378  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2787  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.16 
 
 		 206 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000522738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3002  TRAP transporter - DctQ subunit  32.68 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  36.97 
 
 		 182 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.82 
 
 		 230 aa  92.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3674  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.8 
 
 		 194 aa  86.3  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.35 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.35 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0629  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.38 
 
 		 162 aa  78.6  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0377495  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  36.03 
 
 		 241 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1841  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.17 
 
 		 165 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00146422  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.35 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6031  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.71 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.492399  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4022  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.77 
 
 		 183 aa  69.3  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000610281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.09 
 
 		 183 aa  69.3  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0271  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.35 
 
 		 173 aa  57.8  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2528  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.69 
 
 		 183 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.146735 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4051  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit  31.68 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.329633 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  21.36 
 
 		 232 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  21.76 
 
 		 224 aa  52.8  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 187 aa  53.1  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3805  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.31 
 
 		 196 aa  51.6  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.969823 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4737  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.99 
 
 		 172 aa  49.3  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.222644  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  21.32 
 
 		 207 aa  49.7  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  22.58 
 
 		 178 aa  49.7  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  22.56 
 
 		 170 aa  48.9  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.84 
 
 		 200 aa  48.9  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2934  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.57 
 
 		 187 aa  48.5  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.65832 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.42 
 
 		 187 aa  48.5  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.4 
 
 		 159 aa  48.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  31.58 
 
 		 165 aa  47.8  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1218  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  25.3 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  20.81 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.1 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4765  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.16 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.2 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1970  TRAP dicarboxylate transporter  24 
 
 		 688 aa  47.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.413092  normal  0.415684 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3474  putative TRAP C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit (small permease component)  23.08 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.99 
 
 		 222 aa  45.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80655 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0654  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.07 
 
 		 183 aa  45.4  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.197985  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.52 
 
 		 185 aa  45.1  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0661  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.49 
 
 		 169 aa  44.7  0.0009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1202  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.14 
 
 		 183 aa  44.3  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00964001  normal  0.857795 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.32 
 
 		 182 aa  44.3  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0453  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.73 
 
 		 198 aa  43.9  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0983838  normal  0.382149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0697  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.940748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  25.52 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0444  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.42 
 
 		 182 aa  43.5  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2930  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  19.5 
 
 		 180 aa  43.1  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  27.39 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0343  hypothetical protein  23.42 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.02 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0359  hypothetical protein  23.42 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.537959  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0606  hypothetical protein  22.73 
 
 		 188 aa  42.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2032  TRAP transporter permease component  26.83 
 
 		 171 aa  42.4  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.108593 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4951  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.63 
 
 		 222 aa  42  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.740211  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0710  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.19 
 
 		 179 aa  42  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0086052  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  20.75 
 
 		 180 aa  42.4  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  19.38 
 
 		 193 aa  42  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.23 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4834  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.06 
 
 		 188 aa  41.6  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0357026 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.18 
 
 		 180 aa  41.2  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4544  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 178 aa  41.2  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>