77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2812 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  100 
 
 		 183 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2528  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  77.3 
 
 		 183 aa  231  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.146735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  58.19 
 
 		 230 aa  206  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4051  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit  64.84 
 
 		 180 aa  201  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.329633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  61.94 
 
 		 241 aa  198  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  64.38 
 
 		 241 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  64.38 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  62.68 
 
 		 209 aa  184  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0629  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.16 
 
 		 162 aa  168  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0377495  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1841  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.83 
 
 		 165 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00146422  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6031  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.24 
 
 		 245 aa  165  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.492399  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4022  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.85 
 
 		 183 aa  162  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000610281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  30.07 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3002  TRAP transporter - DctQ subunit  31.93 
 
 		 183 aa  81.3  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2787  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.87 
 
 		 206 aa  78.6  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000522738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.17 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3674  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.58 
 
 		 194 aa  67.8  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.19 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3144  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.22 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.36824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3619  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.27 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1090  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.27 
 
 		 165 aa  53.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0890905  normal  0.431557 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.06 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.49 
 
 		 161 aa  53.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  25.6 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3965  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.7 
 
 		 191 aa  51.6  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.87 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02559  hypothetical protein  26.62 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.43 
 
 		 167 aa  49.7  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  25.36 
 
 		 185 aa  48.5  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2930  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.32 
 
 		 178 aa  48.5  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.87 
 
 		 156 aa  48.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1025  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.37 
 
 		 185 aa  47.8  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.045195  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0023  permease (transport protein)  25 
 
 		 159 aa  47.8  0.00009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.352968  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3367  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.38 
 
 		 187 aa  47  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.87 
 
 		 180 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.66 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.27 
 
 		 159 aa  46.2  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1707  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  28.87 
 
 		 161 aa  46.6  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  31.65 
 
 		 165 aa  45.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.25 
 
 		 164 aa  45.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.64 
 
 		 151 aa  45.4  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.92 
 
 		 180 aa  44.7  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  24.82 
 
 		 170 aa  44.7  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2748  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.36 
 
 		 173 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000637156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  28.19 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  33 
 
 		 622 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  27.87 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  27.87 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.87 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.87 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2136  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.33 
 
 		 245 aa  43.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3247  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.96 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178122  normal  0.0888177 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.87 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.19 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.87 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.87 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4576  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.61 
 
 		 240 aa  42.4  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4869  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.94 
 
 		 159 aa  42.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120214  normal  0.368894 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1686  TRAP transporter DctQ-like membrane protein  24.5 
 
 		 168 aa  42  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00716632  normal  0.0339689 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2497  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.5 
 
 		 168 aa  42  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2400  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  24.5 
 
 		 168 aa  42  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000887899  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.18 
 
 		 182 aa  42.4  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.415474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2593  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.62 
 
 		 183 aa  42.4  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480245  normal  0.0803761 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 214 aa  42  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.51 
 
 		 161 aa  42  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.26 
 
 		 214 aa  42  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.21 
 
 		 180 aa  42  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1604  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  26.51 
 
 		 161 aa  42  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.078531  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  29.2 
 
 		 628 aa  42  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2484  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  27.21 
 
 		 170 aa  42  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0291342  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1797  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ (4TM)subunit  30.56 
 
 		 156 aa  41.6  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107972  hitchhiker  0.000251501 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4819  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25 
 
 		 190 aa  41.6  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.579916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.34 
 
 		 186 aa  41.6  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3538  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  27.27 
 
 		 168 aa  41.2  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0984  TRAP transporter DctM family protein  32.65 
 
 		 631 aa  41.2  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.55 
 
 		 193 aa  40.8  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>