More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1260 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
382 aa  786    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.903848  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.8 
 
 
376 aa  427  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3721  putative epimerase/dehydratase  47.61 
 
 
384 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.88 
 
 
379 aa  351  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.42 
 
 
379 aa  349  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3029  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  45.65 
 
 
378 aa  333  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
372 aa  290  4e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
370 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.97 
 
 
370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.97 
 
 
370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.5 
 
 
370 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.95 
 
 
375 aa  272  7e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.8 
 
 
373 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.91 
 
 
388 aa  270  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.791984  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.7 
 
 
372 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.43 
 
 
372 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.718161  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.43 
 
 
372 aa  262  8e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.26 
 
 
372 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0121065  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.01 
 
 
373 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014544 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.74 
 
 
373 aa  252  7e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0436408  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.66 
 
 
364 aa  252  7e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.37 
 
 
369 aa  248  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1476  UDP-glucose 4-epimerase, putative  40.51 
 
 
363 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.23 
 
 
356 aa  243  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00545494  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.23 
 
 
356 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.722542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3134  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.23 
 
 
356 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.983056  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.23 
 
 
356 aa  243  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0337067  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1983  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.23 
 
 
363 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3157  GepiA  40.23 
 
 
363 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0930  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.23 
 
 
364 aa  243  6e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.47 
 
 
391 aa  242  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
368 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00157391  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
368 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.207226 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.09 
 
 
377 aa  231  2e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0520  NAD-dependent dehydratase/epimerase  39.14 
 
 
368 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.38 
 
 
354 aa  227  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.875814  normal  0.757495 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2172  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
368 aa  227  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0235632 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.34 
 
 
368 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.118654 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03160  sugar nucleotide epimerase/dehydratase  39.15 
 
 
358 aa  213  5.999999999999999e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.123256  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2923  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.68 
 
 
352 aa  211  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.65 
 
 
373 aa  210  3e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192134  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0976  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.89 
 
 
347 aa  209  5e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 
370 aa  209  8e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.249574  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10547  UDP-glucose 4-epimerase galE3  37.25 
 
 
346 aa  206  7e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000700436  normal  0.976314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 
343 aa  197  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.61 
 
 
352 aa  196  6e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.227922  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
343 aa  192  6e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
343 aa  192  6e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0935315  normal  0.0287861 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0698  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
343 aa  192  7e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534805  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0144  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  40.56 
 
 
287 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.120454  normal  0.0125946 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.466913 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0882  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.24 
 
 
313 aa  162  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
333 aa  159  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
314 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 
316 aa  149  6e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.66 
 
 
298 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
310 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
328 aa  146  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
306 aa  145  1e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
325 aa  145  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
310 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
313 aa  144  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
308 aa  144  3e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 
310 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
310 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
312 aa  140  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
312 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
327 aa  138  2e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.09 
 
 
328 aa  138  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.26 
 
 
308 aa  136  7.000000000000001e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
316 aa  136  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
331 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.32 
 
 
309 aa  134  3e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
388 aa  133  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
368 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.32 
 
 
309 aa  130  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
308 aa  130  3e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
309 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  30.05 
 
 
321 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
328 aa  129  7.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
309 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.05 
 
 
321 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.05 
 
 
321 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.05 
 
 
321 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
331 aa  127  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.08 
 
 
327 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>