More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3887 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
368 aa  748    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00157391  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.39 
 
 
368 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.207226 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.86 
 
 
369 aa  512  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0520  NAD-dependent dehydratase/epimerase  68.94 
 
 
368 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2172  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.94 
 
 
368 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0235632 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.57 
 
 
368 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.118654 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.76 
 
 
370 aa  401  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.37 
 
 
388 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.791984  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.13 
 
 
370 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.16 
 
 
370 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.64 
 
 
370 aa  388  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.01 
 
 
372 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.718161  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.01 
 
 
372 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.74 
 
 
372 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.43 
 
 
372 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0121065  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.99 
 
 
391 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.73 
 
 
373 aa  363  3e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
373 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0436408  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.19 
 
 
373 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014544 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.53 
 
 
372 aa  314  9.999999999999999e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.56 
 
 
377 aa  311  1e-83  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3721  putative epimerase/dehydratase  39.55 
 
 
384 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
379 aa  255  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
382 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.903848  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0976  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 
347 aa  237  3e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.92 
 
 
376 aa  233  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.41 
 
 
379 aa  222  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3029  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  36.24 
 
 
378 aa  221  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.39 
 
 
373 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192134  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.79 
 
 
375 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2923  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
352 aa  204  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.227922  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
370 aa  199  7.999999999999999e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.249574  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1476  UDP-glucose 4-epimerase, putative  36.87 
 
 
363 aa  197  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.63 
 
 
364 aa  197  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10547  UDP-glucose 4-epimerase galE3  38.95 
 
 
346 aa  192  6e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000700436  normal  0.976314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.3 
 
 
343 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.3 
 
 
343 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0935315  normal  0.0287861 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0698  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.3 
 
 
343 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534805  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1983  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.59 
 
 
363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3157  GepiA  36.59 
 
 
363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0930  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.59 
 
 
364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.59 
 
 
356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00545494  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.59 
 
 
356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.722542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3134  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.59 
 
 
356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.983056  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.59 
 
 
356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0337067  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.82 
 
 
343 aa  186  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.81 
 
 
373 aa  183  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.466913 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0144  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  41.58 
 
 
287 aa  177  3e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.120454  normal  0.0125946 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0882  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.47 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 
354 aa  169  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.875814  normal  0.757495 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
312 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03160  sugar nucleotide epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
358 aa  161  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.123256  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
309 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
310 aa  160  4e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
327 aa  159  5e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
313 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
321 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.06 
 
 
298 aa  155  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.32 
 
 
301 aa  154  2e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.55 
 
 
307 aa  153  5e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.91 
 
 
325 aa  151  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
328 aa  151  2e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
310 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
299 aa  149  6e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
331 aa  149  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
328 aa  149  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.38 
 
 
310 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
310 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
310 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
308 aa  146  5e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
317 aa  146  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
309 aa  146  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
313 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
310 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
314 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
306 aa  143  5e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
304 aa  142  7e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
308 aa  142  9e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0768033  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.89 
 
 
311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
323 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
323 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
309 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
328 aa  139  8.999999999999999e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.28 
 
 
309 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
333 aa  139  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
309 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
309 aa  138  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.91 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
296 aa  137  4e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  29.26 
 
 
308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.12 
 
 
324 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
292 aa  135  8e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>