More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0520 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0520  NAD-dependent dehydratase/epimerase  100 
 
 
368 aa  732    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.76 
 
 
368 aa  644    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.118654 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2172  NAD-dependent epimerase/dehydratase  99.18 
 
 
368 aa  727    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0235632 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.83 
 
 
368 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.207226 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.94 
 
 
368 aa  510  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00157391  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.76 
 
 
369 aa  482  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.74 
 
 
370 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.38 
 
 
388 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.791984  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.79 
 
 
370 aa  393  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.22 
 
 
372 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0121065  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.07 
 
 
370 aa  393  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.79 
 
 
370 aa  389  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.53 
 
 
391 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.68 
 
 
372 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.718161  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.95 
 
 
372 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.68 
 
 
372 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.1 
 
 
373 aa  365  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.37 
 
 
373 aa  332  5e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0436408  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.15 
 
 
372 aa  332  9e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.37 
 
 
373 aa  331  1e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014544 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.01 
 
 
377 aa  323  2e-87  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3721  putative epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
384 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3029  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  38.7 
 
 
378 aa  241  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.58 
 
 
379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.7 
 
 
379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.97 
 
 
376 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
382 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.903848  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.08 
 
 
375 aa  222  8e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0976  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.57 
 
 
347 aa  218  2e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.03 
 
 
373 aa  209  6e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192134  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2923  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.18 
 
 
352 aa  201  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.68 
 
 
352 aa  196  5.000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.227922  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.4 
 
 
370 aa  195  8.000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.249574  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.2 
 
 
364 aa  192  9e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.98 
 
 
373 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.466913 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10547  UDP-glucose 4-epimerase galE3  38.48 
 
 
346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000700436  normal  0.976314 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1983  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.26 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3157  GepiA  36.26 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.26 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0337067  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3134  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.26 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.983056  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0930  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.26 
 
 
364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.26 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.722542  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.26 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00545494  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1476  UDP-glucose 4-epimerase, putative  35.51 
 
 
363 aa  184  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.54 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.875814  normal  0.757495 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0698  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.18 
 
 
343 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534805  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.18 
 
 
343 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.18 
 
 
343 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0935315  normal  0.0287861 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.41 
 
 
343 aa  169  8e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.61 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
312 aa  162  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0144  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  37.63 
 
 
287 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.120454  normal  0.0125946 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03160  sugar nucleotide epimerase/dehydratase  32 
 
 
358 aa  162  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.123256  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.51 
 
 
325 aa  159  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
299 aa  155  1e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
327 aa  153  5e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
328 aa  152  8e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
309 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.39 
 
 
310 aa  150  4e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
321 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
310 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
321 aa  149  7e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 
306 aa  147  3e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
322 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0882  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
348 aa  146  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.09 
 
 
307 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.33 
 
 
314 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
314 aa  145  9e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
310 aa  145  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
334 aa  145  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0768033  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
313 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
328 aa  144  3e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
292 aa  143  4e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.01 
 
 
310 aa  143  6e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.24 
 
 
343 aa  142  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.01 
 
 
335 aa  142  7e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.763939  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
309 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
323 aa  142  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
323 aa  142  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
308 aa  140  3e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
310 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
327 aa  139  7.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
313 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
310 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
309 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
309 aa  138  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
310 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
309 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.13 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
324 aa  136  5e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
343 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
328 aa  136  7.000000000000001e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
296 aa  135  8e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>