More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4854 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4854  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
236 aa  467  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0657212  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4813  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.87 
 
 
239 aa  321  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.246184  normal  0.864959 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.52 
 
 
235 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 
234 aa  176  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
237 aa  169  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.874533  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
233 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0457321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3589  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.59 
 
 
246 aa  165  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377487  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.39 
 
 
234 aa  161  7e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.114405  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
228 aa  148  8e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.912393 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.419442  unclonable  0.00000816972 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 
227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70124  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 
225 aa  122  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.379017  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0583  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.72 
 
 
231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00177948  normal  0.463308 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1577  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.87 
 
 
226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.062462  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2100  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.23 
 
 
226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
222 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.214682  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
236 aa  109  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0110746 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_38394  predicted protein  35.53 
 
 
276 aa  109  5e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00142595  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.11 
 
 
235 aa  108  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.33248 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_5780  predicted protein  36.02 
 
 
194 aa  108  8.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.155733  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
244 aa  107  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.134822  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7169  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
233 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.56 
 
 
236 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
235 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7587  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 
241 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
240 aa  102  5e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.63 
 
 
235 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3439  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.84 
 
 
229 aa  99.8  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
268 aa  99  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.03 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
236 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.199135  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
236 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0025  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.93 
 
 
232 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 
247 aa  95.9  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0708885  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
258 aa  95.9  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  31.69 
 
 
254 aa  95.5  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0298  sorbitol dehydrogenase  31.85 
 
 
262 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.514875  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.15 
 
 
252 aa  95.5  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
244 aa  95.5  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
237 aa  95.1  9e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.233429  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 
246 aa  94.4  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1895  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.73 
 
 
231 aa  94  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1487  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
231 aa  94  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  31.09 
 
 
258 aa  93.6  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 
248 aa  93.2  3e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
278 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
247 aa  92.8  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.807678  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
244 aa  92.8  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
246 aa  92.8  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0095  sorbitol dehydrogenase  33.87 
 
 
256 aa  92  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
255 aa  92  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.485877  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1731  sorbitol dehydrogenase  33.15 
 
 
256 aa  91.7  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311786  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
242 aa  92  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
275 aa  91.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0911  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
242 aa  90.9  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
261 aa  91.3  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
224 aa  90.9  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
253 aa  91.7  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
233 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  29.41 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
251 aa  90.5  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.11 
 
 
252 aa  90.9  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
275 aa  89.7  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 
261 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  31.97 
 
 
256 aa  89.4  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
260 aa  89.4  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
266 aa  89.7  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  31.69 
 
 
286 aa  89.7  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 
265 aa  89  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
267 aa  89  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
253 aa  89  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  34.97 
 
 
257 aa  89  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
250 aa  88.6  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
248 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
261 aa  88.6  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
254 aa  88.6  8e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 
260 aa  88.6  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
282 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0269  sorbitol dehydrogenase  32.34 
 
 
263 aa  88.6  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.19 
 
 
239 aa  88.2  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
252 aa  88.2  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
233 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  27.48 
 
 
259 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.19 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  30.54 
 
 
255 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.11 
 
 
270 aa  87.8  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
239 aa  87  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  26.97 
 
 
259 aa  87.4  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.74 
 
 
233 aa  87.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000124511  unclonable  0.0000000105469 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  29.89 
 
 
239 aa  87  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.92 
 
 
264 aa  87  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 
267 aa  87  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  30.2 
 
 
273 aa  87  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4179  short chain dehydrogenase  33.63 
 
 
237 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0383999  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.65 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>