More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4813 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4813  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
239 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.246184  normal  0.864959 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4854  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.87 
 
 
236 aa  352  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0657212  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
235 aa  248  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 
234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.32 
 
 
234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3589  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.58 
 
 
246 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377487  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.67 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.874533  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 
233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0457321 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.78 
 
 
234 aa  171  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.114405  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
228 aa  159  4e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.912393 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
237 aa  137  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.419442  unclonable  0.00000816972 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
225 aa  133  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.379017  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0583  putative short-chain dehydrogenase/reductase  41.2 
 
 
231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00177948  normal  0.463308 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.214682  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
227 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70124  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
244 aa  126  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.134822  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.63 
 
 
235 aa  125  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.33248 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1577  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
226 aa  123  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.062462  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.32 
 
 
236 aa  121  8e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0110746 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3439  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.67 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413272 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_38394  predicted protein  37.07 
 
 
276 aa  118  7.999999999999999e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00142595  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1895  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.52 
 
 
231 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2100  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.09 
 
 
226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_5780  predicted protein  38.5 
 
 
194 aa  117  1.9999999999999998e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.155733  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0025  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.94 
 
 
232 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7169  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 
233 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
235 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
237 aa  109  3e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.233429  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1487  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
231 aa  106  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
236 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
251 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.83 
 
 
246 aa  104  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7587  short chain dehydrogenase  35.65 
 
 
241 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.98 
 
 
245 aa  104  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
261 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3805  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
237 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132901  hitchhiker  0.00346902 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  31.56 
 
 
254 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
235 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.41 
 
 
246 aa  102  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
246 aa  101  8e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
252 aa  102  8e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3838  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
272 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0844914  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0911  short chain dehydrogenase  34.19 
 
 
237 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  28.28 
 
 
255 aa  100  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.76 
 
 
242 aa  100  3e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
264 aa  99.4  4e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
250 aa  99.4  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
253 aa  99.4  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
254 aa  99  5e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
247 aa  99.4  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
236 aa  99  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1623  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.09 
 
 
244 aa  99  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000163996  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
268 aa  98.6  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  31.73 
 
 
257 aa  98.6  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
247 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
266 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  32.74 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  26.34 
 
 
240 aa  96.3  3e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.81 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.2 
 
 
246 aa  96.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
247 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0708885  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 
248 aa  96.3  4e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
252 aa  95.9  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
282 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1487  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  30.89 
 
 
252 aa  95.5  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.750194  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
266 aa  95.5  7e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.07 
 
 
261 aa  95.1  9e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
255 aa  95.1  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
236 aa  94.7  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239235  normal  0.254296 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  26.86 
 
 
263 aa  94.7  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5484  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 
237 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.485941 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3935  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.5 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
251 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
295 aa  94.4  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.366872  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3568  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 
237 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0488562  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4179  short chain dehydrogenase  33.76 
 
 
237 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0383999  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4799  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 
237 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
248 aa  94  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  26.29 
 
 
258 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
248 aa  94  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
233 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 
233 aa  93.6  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000124511  unclonable  0.0000000105469 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  27.85 
 
 
258 aa  93.6  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4701  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
237 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
258 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
234 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.72 
 
 
238 aa  93.2  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1530  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
234 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
256 aa  93.6  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
234 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.709816 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1299  fatty acyl-CoA reductase protein  30.32 
 
 
295 aa  93.2  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>