87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2599 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2599  hypothetical protein  100 
 
 		 251 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1865  putative ATP-dependent helicase Lhr  51.49 
 
 		 1538 aa  236  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0115691  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1730  putative ATP-dependent helicase Lhr  51.49 
 
 		 1525 aa  235  6e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1987  DEAD/H associated domain protein  51.49 
 
 		 1538 aa  234  8e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01613  hypothetical protein  51.49 
 
 		 1538 aa  234  8e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01623  predicted ATP-dependent helicase  51.49 
 
 		 1538 aa  234  8e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2365  putative ATP-dependent helicase Lhr  51.06 
 
 		 1538 aa  234  9e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.812889  normal  0.664089 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1545  putative ATP-dependent helicase Lhr  52.14 
 
 		 1538 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.91893  normal  0.4804 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1976  putative ATP-dependent helicase Lhr  51.5 
 
 		 1538 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.987163  hitchhiker  0.00398653 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2211  putative ATP-dependent helicase Lhr  45.61 
 
 		 1620 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.961951 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3527  DEAD/DEAH box helicase-like  43.9 
 
 		 1567 aa  165  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.917212  normal  0.0702055 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27850  ATP dependent helicase, Lhr family  44.98 
 
 		 1549 aa  162  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.081171 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.77 
 
 		 1539 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.35203 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.22 
 
 		 1514 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1113  DEAD/H associated domain-containing protein  41.63 
 
 		 1644 aa  157  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.79527  normal  0.12197 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0751  DEAD/H associated domain protein  47.39 
 
 		 1729 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 		 1517 aa  154  9e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0712014 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.39 
 
 		 1476 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1489  DEAD/H associated domain protein  46.28 
 
 		 1584 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.369551 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.35 
 
 		 1561 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.338069  hitchhiker  0.000946056 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1578  DEAD/H associated domain protein  41.35 
 
 		 1604 aa  151  8e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13325  ATP-dependent helicase lhr  52.13 
 
 		 1513 aa  151  1e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2329  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.44 
 
 		 1516 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0816  DEAD/H associated domain protein  44.54 
 
 		 1572 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0623  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.46 
 
 		 1694 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3924  DEAD/H associated domain protein  41.83 
 
 		 1535 aa  146  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2240  DEAD/H associated domain protein  43.11 
 
 		 1506 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.589998 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.3 
 
 		 1523 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.3 
 
 		 1523 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2140  DEAD/H associated domain protein  41.95 
 
 		 1741 aa  142  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.800534 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  50.3 
 
 		 1523 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0664  DEAD/H associated domain protein  44.34 
 
 		 1509 aa  142  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.240887 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1802  DEAD/H associated domain protein  40.36 
 
 		 1544 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0257988  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4684  DEAD/H associated domain protein  43.05 
 
 		 1523 aa  137  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.100241 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0301  Lhr-like helicase  41.35 
 
 		 1577 aa  136  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.610985  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2453  DEAD/H associated domain protein  43.11 
 
 		 1668 aa  130  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.39 
 
 		 1553 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0413876  normal  0.423713 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23220  ATP dependent helicase, Lhr family  40.95 
 
 		 1649 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.408844  normal  0.0469013 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4192  DEAD/H associated domain-containing protein  41.07 
 
 		 1534 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0456896 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0384  DEAD/DEAH box helicase-like  40.21 
 
 		 1531 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.224382 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1496  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.74 
 
 		 1534 aa  123  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.377611  normal  0.775081 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1014  DEAD/H associated domain protein  43.97 
 
 		 1493 aa  122  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19580  ATP dependent helicase, Lhr family  38.58 
 
 		 1601 aa  122  6e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.512724  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1541  DEAD/H associated domain protein  37.45 
 
 		 1694 aa  122  7e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00672173  normal  0.215224 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17730  ATP dependent helicase, Lhr family  42.36 
 
 		 1660 aa  119  3e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.5543  normal  0.230312 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  38.77 
 
 		 1480 aa  118  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1865  DEAD/H associated domain protein  40.17 
 
 		 1536 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.299338  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1786  DEAD/H associated domain protein  40.17 
 
 		 1536 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.509366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2092  DEAD/DEAH box helicase-like  40.6 
 
 		 1536 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1039  DEAD/H associated domain protein  33.62 
 
 		 1618 aa  98.2  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1217  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.64 
 
 		 1613 aa  95.9  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0938904 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1240  DEAD/H associated domain protein  37.55 
 
 		 1632 aa  93.6  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1413  DEAD/H associated domain protein  54.64 
 
 		 1606 aa  90.1  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0176402  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1579  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.31 
 
 		 1412 aa  72  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690161  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2613  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.7 
 
 		 1502 aa  65.1  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.670287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.67 
 
 		 1429 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3770  DEAD/DEAH box helicase-like  37.07 
 
 		 1435 aa  57.4  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.515383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1102  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.11 
 
 		 1426 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.484648 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1061  DEAD/H associated domain protein  33.11 
 
 		 1434 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1130  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.84 
 
 		 1626 aa  53.9  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00800963  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0993  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.33 
 
 		 1598 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1829  ATP-dependent DNA helicase  37.33 
 
 		 1598 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.850726  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1744  putative ATP-dependent helicase lhr  37.33 
 
 		 1599 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1332  putative ATP-dependent helicase lhr  37.33 
 
 		 1598 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.214802  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0304  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.33 
 
 		 1700 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0264  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.33 
 
 		 1598 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0375  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.33 
 
 		 1598 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.886751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4019  DEAD/H associated domain protein  37.21 
 
 		 1419 aa  52  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.608541  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6550  DEAD/H associated domain protein  36.72 
 
 		 1573 aa  51.2  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.851379  normal  0.30774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21690  putative ATP-dependent DNA helicase  33.53 
 
 		 1448 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1577  DEAD/H associated domain protein  30.3 
 
 		 1495 aa  50.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1091  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.12 
 
 		 1451 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3982  DEAD/H associated domain protein  36.15 
 
 		 1388 aa  49.7  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.347513  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1849  putative ATP-dependent DNA helicase  32.95 
 
 		 1448 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.210225  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5032  DEAD/DEAH box helicase-like  36.59 
 
 		 1431 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21227 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.53 
 
 		 1505 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3591  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.53 
 
 		 1508 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.485917 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.5 
 
 		 1475 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354786  normal  0.0258746 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00430  ATP-dependent DNA helicase  33.08 
 
 		 447 aa  46.6  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.774826  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3338  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.73 
 
 		 1518 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4416  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.3 
 
 		 1480 aa  45.4  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1852  DEAD/DEAH box helicase  33.13 
 
 		 1515 aa  45.4  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.183708 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5281  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.46 
 
 		 1497 aa  45.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.426487 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1849  hypothetical protein  46.81 
 
 		 82 aa  44.3  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000335703  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1574  DEAD/H associated domain protein  30.57 
 
 		 1379 aa  43.9  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2658  hypothetical protein  30.43 
 
 		 839 aa  43.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000653199  hitchhiker  0.00786959 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5453  DEAD/H associated domain protein  34.38 
 
 		 1504 aa  42.7  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397244  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>