More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1002 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1002  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  580  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.696154  normal  0.774388 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0933  protein of unknown function DUF6 transmembrane  82.95 
 
 		 311 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.273134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0868  protein of unknown function DUF6 transmembrane  82.37 
 
 		 311 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.501248 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1044  hypothetical protein  68.52 
 
 		 308 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1008  hypothetical protein  68.32 
 
 		 312 aa  345  5e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2367  hypothetical protein  56.52 
 
 		 309 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.169121  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2247  hypothetical protein  56.52 
 
 		 309 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.654485 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2351  hypothetical protein  57.34 
 
 		 309 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.240563 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5670  hypothetical protein  56.39 
 
 		 309 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2328  hypothetical protein  57.44 
 
 		 309 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1716  hypothetical protein  57.44 
 
 		 309 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0949  hypothetical protein  57.09 
 
 		 397 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0969  hypothetical protein  56.6 
 
 		 402 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1021  hypothetical protein  57.65 
 
 		 356 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1932  hypothetical protein  57.65 
 
 		 356 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.248782  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0304  hypothetical protein  57.65 
 
 		 356 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.457394  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0844  hypothetical protein  57.65 
 
 		 356 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.338271  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1174  hypothetical protein  57.33 
 
 		 353 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1335  transporter  57.33 
 
 		 356 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.324235  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1182  hypothetical protein  57.33 
 
 		 356 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.983056  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0680  hypothetical protein  45.39 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2677  hypothetical protein  48.91 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2300  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.22 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1923  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.08 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0442  hypothetical protein  32.99 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4232  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.71 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27470  predicted membrane protein  33.68 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2730  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.6 
 
 		 310 aa  123  5e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0729  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.63 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0409163  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1306  DMT family permease  31.23 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.602265  normal  0.904555 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1107  hypothetical protein  34.67 
 
 		 316 aa  92.8  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1571  hypothetical protein  25.6 
 
 		 303 aa  92.8  7e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.358849 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1055  hypothetical protein  26.3 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0003  hypothetical protein  22.78 
 
 		 288 aa  90.5  4e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0184186  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1944  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.33 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2478  hypothetical protein  31.95 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0562  hypothetical protein  30.38 
 
 		 328 aa  89.4  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.368396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5553  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.76 
 
 		 332 aa  89  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0270  hypothetical protein  34.28 
 
 		 309 aa  86.7  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.486375  normal  0.729912 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0792  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.15 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.90814  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0341  hypothetical protein  25.28 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1925  hypothetical protein  28.27 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1059  hypothetical protein  25.72 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.999604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1449  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.53 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0752  hypothetical protein  27.86 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0896915  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5227  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.39 
 
 		 313 aa  79  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.579422 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0348  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.15 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0150113 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0739  integral membrane protein  27.36 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0224771  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1865  hypothetical protein  33.33 
 
 		 328 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.44 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4081  hypothetical protein  27.92 
 
 		 281 aa  77  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1364  hypothetical protein  26.23 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1985  integral membrane protein, DUF6  30.33 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  28.25 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1879  hypothetical protein  26.8 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4503  hypothetical protein  26.57 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00148993 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2236  hypothetical protein  32.75 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.560501  normal  0.770615 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4157  DMT family permease  26.2 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000489633  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1868  hypothetical protein  26.4 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3877  hypothetical protein  30.43 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4316  hypothetical protein  30.15 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4804  hypothetical protein  29.62 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3563  hypothetical protein  29.62 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.390712  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0790  hypothetical protein  28.09 
 
 		 532 aa  72.4  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.356616  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2001  hypothetical protein  29.38 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00115846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4050  hypothetical protein  30.15 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1984  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.77 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.825306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0579  hypothetical protein  25 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4168  permeases of the drug/metabolite transporter (DMT)  26.74 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.221065  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4191  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.09 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.168223  normal  0.0221146 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2545  integral membrane protein  27.66 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.723869 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4508  integral membrane protein  26.38 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563212  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5479  hypothetical protein  29.68 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.293066 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1301  hypothetical protein  34.13 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.488706  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1395  hypothetical protein  37.13 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4184  hypothetical protein  28.53 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3390  hypothetical protein  31 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0333  hypothetical protein  29.37 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.950508 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1079  hypothetical protein  30.77 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.901985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4706  hypothetical protein  28.62 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.783854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2506  hypothetical protein  28.12 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0530  hypothetical protein  30.74 
 
 		 341 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.584657  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0312  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.86 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1695  hypothetical protein  31.27 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1464  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1593  hypothetical protein  29.54 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0905154  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4450  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.47 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0322727  normal  0.15573 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1545  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  25.25 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0256706  decreased coverage  0.0067742 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3769  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  25.67 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.547255  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3801  hypothetical protein  30.64 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900798  hitchhiker  0.00177681 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  25.76 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0645  EamA family protein  22.49 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2372  hypothetical protein  30.74 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187274  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2691  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.22 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.24662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02670  predicted permease, DMT superfamily  29.71 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0494  DMT family permease  23.99 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3236  hypothetical protein  28.62 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2856  hypothetical protein  32.34 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.566948  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0849  hypothetical protein  32.7 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0518  hypothetical protein  33.33 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>