69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4077 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4077  CsbD-like  100 
 
 		 71 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2201  hypothetical protein  77.46 
 
 		 71 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4225  CsbD-like  78.87 
 
 		 71 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4905  CsbD family protein  80.28 
 
 		 71 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.5432  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1353  CsbD-like  73.24 
 
 		 71 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.858487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2997  CsbD-like protein  77.46 
 
 		 71 aa  89  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1079  CsbD-like  80.28 
 
 		 71 aa  80.9  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0315456  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0071  CsbD family protein  66.13 
 
 		 63 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.839575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4351  CsbD-like  61.9 
 
 		 63 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2413  CsbD family protein  57.38 
 
 		 67 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2136  CsbD family protein  57.38 
 
 		 67 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.255904  normal  0.437029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2096  CsbD family protein  59.02 
 
 		 67 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4501  CsbD family protein  57.38 
 
 		 67 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.355714  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0397  CsbD family protein  55.38 
 
 		 67 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0366  CsbD family protein  55.38 
 
 		 67 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3782  CsbD-like  55.56 
 
 		 63 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.45663  normal  0.0243288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5653  CsbD family protein  55.38 
 
 		 67 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4456  CsbD family protein  55.38 
 
 		 67 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.966914 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1053  CsbD family protein  52.31 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.236327 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1596  hypothetical protein  57.14 
 
 		 63 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.446772  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5381  CsbD family protein  49.3 
 
 		 67 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2156  CsbD family protein  57.14 
 
 		 59 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.703881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3861  CsbD family protein  57.89 
 
 		 59 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02330  CsbD-like stress response protein  52.38 
 
 		 63 aa  60.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0752085  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0616  CsbD family protein  52.17 
 
 		 63 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.396611  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0658  CsbD family protein  50.72 
 
 		 63 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4561  CsbD family protein  54.39 
 
 		 59 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1328  CsbD family protein  52.63 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.253969 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4068  CsbD family protein  52.63 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1602  CsbD-like  49.12 
 
 		 61 aa  51.2  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00164286  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3231  CsbD family protein  48.28 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.533713  normal  0.0212148 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3663  hypothetical protein  48.28 
 
 		 61 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.140345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3279  CsbD family protein  43.86 
 
 		 61 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1858  CsbD family protein  42.59 
 
 		 68 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2139  CsbD family protein  44.83 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.756124  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6977  hypothetical protein  42.59 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3352  hypothetical protein  50.91 
 
 		 55 aa  46.2  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0279  CsbD family protein  40.58 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5268  CsbD family protein  40 
 
 		 118 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1434  CsbD-like protein  46.55 
 
 		 60 aa  45.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2036  CsbD family protein  42.11 
 
 		 62 aa  44.7  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00282933  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1786  CsbD family protein  50 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30394  normal  0.432294 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1345  CsbD family protein  38.98 
 
 		 60 aa  44.3  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4729  CsbD family protein  38.33 
 
 		 118 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5196  CsbD family protein  38.33 
 
 		 118 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401648 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2645  CsbD-like  45.61 
 
 		 61 aa  43.9  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3481  CsbD family protein  39.66 
 
 		 125 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258036  normal  0.179783 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1689  CsbD family protein  48.08 
 
 		 57 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.368224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1539  CsbD family protein  37.93 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0545  hypothetical protein  51.92 
 
 		 59 aa  43.5  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4278  CsbD family protein  44.23 
 
 		 57 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2126  CsbD family protein  42.59 
 
 		 61 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0258887  normal  0.693221 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2107  CsbD family protein  39.39 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.40182  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2423  CsbD family protein  39.66 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3352  hypothetical protein  42.37 
 
 		 63 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0858  hypothetical protein  38.81 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.228547  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0395  CsbD family protein  38.98 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6209  CsbD family protein  38.24 
 
 		 109 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0364  CsbD family protein  38.98 
 
 		 124 aa  41.6  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0717  CsbD family protein  44.23 
 
 		 57 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.331669 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1332  CsbD-like  46.43 
 
 		 60 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00134797  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2412  CsbD family protein  41.51 
 
 		 59 aa  41.2  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.324054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1145  CsbD family protein  42.37 
 
 		 63 aa  41.2  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2041  CsbD-like protein  40.38 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0649  hypothetical protein  43.08 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0408075  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5383  CsbD family protein  38.18 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1668  CsbD family protein  46.15 
 
 		 57 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839818  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5331  CsbD family protein  41.82 
 
 		 65 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0107466 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2060  CsbD-like  45.45 
 
 		 61 aa  40  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>