62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4068 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4068  CsbD family protein  100 
 
 		 59 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1328  CsbD family protein  98.31 
 
 		 59 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.253969 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4561  CsbD family protein  96.61 
 
 		 59 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3861  CsbD family protein  88.14 
 
 		 59 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1596  hypothetical protein  79.31 
 
 		 63 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.446772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3782  CsbD-like  77.59 
 
 		 63 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.45663  normal  0.0243288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0397  CsbD family protein  75.44 
 
 		 67 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0366  CsbD family protein  75.44 
 
 		 67 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1053  CsbD family protein  75.44 
 
 		 67 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.236327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4351  CsbD-like  72.41 
 
 		 63 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5381  CsbD family protein  73.21 
 
 		 67 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4456  CsbD family protein  73.68 
 
 		 67 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.966914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5653  CsbD family protein  73.68 
 
 		 67 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0071  CsbD family protein  66.67 
 
 		 63 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.839575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2156  CsbD family protein  65.52 
 
 		 59 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.703881 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2136  CsbD family protein  66.67 
 
 		 67 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.255904  normal  0.437029 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4501  CsbD family protein  63.16 
 
 		 67 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.355714  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2413  CsbD family protein  66.67 
 
 		 67 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2096  CsbD family protein  64.91 
 
 		 67 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1434  CsbD-like protein  62.5 
 
 		 60 aa  67.8  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1332  CsbD-like  64.29 
 
 		 60 aa  67.4  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00134797  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02330  CsbD-like stress response protein  55.17 
 
 		 63 aa  62  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0752085  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4905  CsbD family protein  57.89 
 
 		 71 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.5432  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1353  CsbD-like  56.14 
 
 		 71 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.858487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4077  CsbD-like  52.63 
 
 		 71 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4225  CsbD-like  50.88 
 
 		 71 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2201  hypothetical protein  50.88 
 
 		 71 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1079  CsbD-like  52 
 
 		 71 aa  50.8  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0315456  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2997  CsbD-like protein  52.83 
 
 		 71 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3655  hypothetical protein  50.91 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3231  CsbD family protein  49.09 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.533713  normal  0.0212148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0086  CsbD family protein  47.17 
 
 		 57 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0727679  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1574  hypothetical protein  50.91 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222818  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1384  CsbD family protein  46.55 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0616  CsbD family protein  49.12 
 
 		 63 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.396611  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3743  hypothetical protein  50.91 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3320  CsbD family protein  49.09 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.525397  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3385  hypothetical protein  50.91 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00837674  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0717  CsbD family protein  45.28 
 
 		 57 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.331669 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3424  hypothetical protein  50.91 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.963083  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3644  hypothetical protein  50.91 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3694  hypothetical protein  50.91 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.367193  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1668  CsbD family protein  47.17 
 
 		 57 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839818  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3666  hypothetical protein  50.91 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0579437  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0545  hypothetical protein  50 
 
 		 59 aa  46.6  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0658  CsbD family protein  47.37 
 
 		 63 aa  46.2  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2405  CsbD family protein  47.27 
 
 		 59 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3194  CsbD family protein  46.3 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.828188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4278  CsbD family protein  45.28 
 
 		 57 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3147  CsbD family protein  46.3 
 
 		 56 aa  44.3  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3336  hypothetical protein  49.09 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0941  CsbD family protein  50 
 
 		 64 aa  43.5  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1219  CsbD-like  49.06 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3862  CsbD family protein  46.81 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0951  CsbD family protein  41.51 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3352  hypothetical protein  49.06 
 
 		 55 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3066  CsbD family protein  41.07 
 
 		 58 aa  42.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2184  CsbD family protein  38.18 
 
 		 59 aa  41.2  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2036  CsbD family protein  43.14 
 
 		 62 aa  41.6  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00282933  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4993  CsbD family protein  46.15 
 
 		 57 aa  41.2  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1353  CsbD family protein  45.65 
 
 		 71 aa  40.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.43261e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2861  CsbD family protein  45.65 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>