75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1079 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1079  CsbD-like  100 
 
 		 71 aa  131  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0315456  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1353  CsbD-like  78.87 
 
 		 71 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.858487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4077  CsbD-like  80.28 
 
 		 71 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4225  CsbD-like  76.06 
 
 		 71 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2201  hypothetical protein  76.06 
 
 		 71 aa  103  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4905  CsbD family protein  71.83 
 
 		 71 aa  93.6  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.5432  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2997  CsbD-like protein  81.69 
 
 		 71 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0071  CsbD family protein  67.74 
 
 		 63 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.839575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2136  CsbD family protein  63.93 
 
 		 67 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.255904  normal  0.437029 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2413  CsbD family protein  63.93 
 
 		 67 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0397  CsbD family protein  60.32 
 
 		 67 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4501  CsbD family protein  60.66 
 
 		 67 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.355714  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2096  CsbD family protein  59.15 
 
 		 67 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0366  CsbD family protein  60.32 
 
 		 67 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5381  CsbD family protein  54.93 
 
 		 67 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4351  CsbD-like  58.73 
 
 		 63 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1053  CsbD family protein  58.06 
 
 		 67 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.236327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5653  CsbD family protein  58.73 
 
 		 67 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4456  CsbD family protein  58.73 
 
 		 67 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.966914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3782  CsbD-like  53.97 
 
 		 63 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.45663  normal  0.0243288 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1596  hypothetical protein  53.97 
 
 		 63 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.446772  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0616  CsbD family protein  54.84 
 
 		 63 aa  63.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.396611  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0658  CsbD family protein  53.23 
 
 		 63 aa  61.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02330  CsbD-like stress response protein  50.79 
 
 		 63 aa  60.5  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0752085  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3861  CsbD family protein  52.63 
 
 		 59 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2156  CsbD family protein  50 
 
 		 59 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.703881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4561  CsbD family protein  52.63 
 
 		 59 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1328  CsbD family protein  50.88 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.253969 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4068  CsbD family protein  50.88 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1602  CsbD-like  52.63 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00164286  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1434  CsbD-like protein  53.45 
 
 		 60 aa  50.8  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3231  CsbD family protein  50 
 
 		 67 aa  50.8  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.533713  normal  0.0212148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3279  CsbD family protein  48.28 
 
 		 61 aa  50.4  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2139  CsbD family protein  48.15 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.756124  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0279  CsbD family protein  40.98 
 
 		 109 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2126  CsbD family protein  48.15 
 
 		 61 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0258887  normal  0.693221 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2107  CsbD family protein  45.16 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.40182  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3663  hypothetical protein  46.55 
 
 		 61 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.140345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1858  CsbD family protein  46.3 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6977  hypothetical protein  46.3 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4278  CsbD family protein  48.08 
 
 		 57 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2645  CsbD-like  47.37 
 
 		 61 aa  47.8  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3481  CsbD family protein  39.34 
 
 		 125 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258036  normal  0.179783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6962  hypothetical protein  42.62 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5268  CsbD family protein  37.68 
 
 		 118 aa  47  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0395  CsbD family protein  40.98 
 
 		 113 aa  47  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0717  CsbD family protein  50 
 
 		 57 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.331669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1539  CsbD family protein  38.98 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2423  CsbD family protein  39.34 
 
 		 110 aa  47  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0364  CsbD family protein  40.98 
 
 		 124 aa  47  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0545  hypothetical protein  52.63 
 
 		 59 aa  45.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1668  CsbD family protein  50 
 
 		 57 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0086  CsbD family protein  44.23 
 
 		 57 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0727679  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4729  CsbD family protein  36.23 
 
 		 118 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2495  CsbD family protein  41.67 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.282407 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3274  CsbD-like  33.85 
 
 		 69 aa  44.7  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2718  CsbD family protein  41.67 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229668  normal  0.19415 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1145  CsbD family protein  45.76 
 
 		 63 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2412  CsbD family protein  43.86 
 
 		 59 aa  44.3  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.324054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0649  hypothetical protein  43.08 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0408075  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5331  CsbD family protein  43.64 
 
 		 65 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0107466 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1689  CsbD family protein  46.3 
 
 		 57 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.368224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2041  CsbD-like protein  42.31 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2036  CsbD family protein  38.6 
 
 		 62 aa  43.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00282933  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5196  CsbD family protein  34.78 
 
 		 118 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401648 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3352  hypothetical protein  46.15 
 
 		 55 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6209  CsbD family protein  35 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5383  CsbD family protein  37.5 
 
 		 114 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3352  hypothetical protein  42.37 
 
 		 63 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1055  CsbD family protein  37.7 
 
 		 113 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.120692 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1345  CsbD family protein  37.29 
 
 		 60 aa  41.6  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3473  CsbD family protein  43.64 
 
 		 59 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1384  CsbD family protein  41.51 
 
 		 59 aa  41.2  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1786  CsbD family protein  40 
 
 		 70 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30394  normal  0.432294 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2023  CsbD-like protein  45.28 
 
 		 68 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>