72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3281 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3909  porin  78.77 
 
 		 499 aa  768    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0539  porin  65.54 
 
 		 484 aa  638    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  100 
 
 		 498 aa  998    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  65.42 
 
 		 488 aa  634    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  77.84 
 
 		 495 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  66.87 
 
 		 480 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  75.55 
 
 		 495 aa  749    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  63.5 
 
 		 506 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2696  porin  65.15 
 
 		 484 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  63.89 
 
 		 482 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  63.84 
 
 		 483 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  51.31 
 
 		 498 aa  478  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  49.53 
 
 		 519 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  48.6 
 
 		 521 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  50.76 
 
 		 506 aa  450  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  51.05 
 
 		 502 aa  450  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  52.12 
 
 		 497 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  48.79 
 
 		 521 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  48.69 
 
 		 522 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  48.57 
 
 		 512 aa  434  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  37.94 
 
 		 488 aa  263  6e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  34.68 
 
 		 491 aa  232  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  32.84 
 
 		 516 aa  202  9e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  31.05 
 
 		 522 aa  195  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  32.22 
 
 		 491 aa  195  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  31.78 
 
 		 527 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  31.54 
 
 		 513 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  32.13 
 
 		 447 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  32.15 
 
 		 553 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  32.03 
 
 		 529 aa  181  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  32.04 
 
 		 533 aa  179  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  30.12 
 
 		 551 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  30.46 
 
 		 550 aa  169  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  29.97 
 
 		 559 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  31.27 
 
 		 553 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  31.12 
 
 		 531 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  29.23 
 
 		 546 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  28.19 
 
 		 386 aa  160  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  29.67 
 
 		 553 aa  157  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  29.67 
 
 		 553 aa  157  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  28.57 
 
 		 560 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  27.59 
 
 		 554 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  27.41 
 
 		 554 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  26.78 
 
 		 565 aa  136  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  27.36 
 
 		 547 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  27.17 
 
 		 547 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  35.98 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  29.52 
 
 		 379 aa  92.8  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  37.68 
 
 		 401 aa  92  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  52.56 
 
 		 561 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  31.52 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  33.33 
 
 		 406 aa  80.1  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  30.32 
 
 		 355 aa  77.4  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  30.41 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  30.7 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  27.2 
 
 		 375 aa  73.2  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  29.38 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  31.72 
 
 		 348 aa  71.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0668  porin  28.69 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  27.18 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  30.61 
 
 		 344 aa  66.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  28.9 
 
 		 338 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  27.13 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  44.78 
 
 		 342 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  44.78 
 
 		 340 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  50 
 
 		 337 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  50 
 
 		 347 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  50 
 
 		 335 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  20.19 
 
 		 477 aa  52.4  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  23.36 
 
 		 386 aa  52.4  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  22.7 
 
 		 390 aa  52  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1465  hypothetical protein  25.79 
 
 		 383 aa  43.9  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00157925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>