72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2414 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2696  porin  80.2 
 
 		 484 aa  768    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0539  porin  81.02 
 
 		 484 aa  792    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  83.64 
 
 		 483 aa  822    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  88.38 
 
 		 480 aa  869    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  72.44 
 
 		 506 aa  737    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  77.44 
 
 		 488 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  100 
 
 		 482 aa  969    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  63.89 
 
 		 498 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  63.67 
 
 		 495 aa  611  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  63.67 
 
 		 495 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  63.06 
 
 		 499 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  56.82 
 
 		 521 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  56.29 
 
 		 498 aa  538  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  55.32 
 
 		 519 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  54.56 
 
 		 521 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  52.6 
 
 		 506 aa  485  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  52.3 
 
 		 497 aa  480  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  49.33 
 
 		 502 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  50.47 
 
 		 522 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  49.13 
 
 		 512 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  39.81 
 
 		 488 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  32.01 
 
 		 561 aa  209  7e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  35.71 
 
 		 491 aa  206  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  31.83 
 
 		 522 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  31.24 
 
 		 527 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  34.17 
 
 		 516 aa  196  8.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  33.2 
 
 		 491 aa  189  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  31.73 
 
 		 513 aa  188  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  32.97 
 
 		 529 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  31.94 
 
 		 553 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  33.96 
 
 		 447 aa  180  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  30.7 
 
 		 533 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  29.4 
 
 		 559 aa  169  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  29.06 
 
 		 546 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  31.4 
 
 		 551 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  32.77 
 
 		 550 aa  164  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  28.35 
 
 		 553 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  28.35 
 
 		 553 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  28.23 
 
 		 553 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  30.37 
 
 		 531 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  29.55 
 
 		 386 aa  159  8e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  30.4 
 
 		 554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  28.69 
 
 		 565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  30.4 
 
 		 554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  30.95 
 
 		 560 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  27.53 
 
 		 547 aa  126  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  27.72 
 
 		 547 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  36.74 
 
 		 372 aa  121  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  34.63 
 
 		 379 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  36.63 
 
 		 406 aa  100  6e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  32.73 
 
 		 401 aa  95.5  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  33.33 
 
 		 375 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  32.71 
 
 		 384 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  30.66 
 
 		 372 aa  88.6  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  35.08 
 
 		 355 aa  88.2  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  32.99 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  28.18 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0668  porin  33.14 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  34.09 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  29.8 
 
 		 352 aa  69.3  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  30.29 
 
 		 338 aa  67  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  31.16 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  26.61 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  29.1 
 
 		 338 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  32.85 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  33.73 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  33.33 
 
 		 340 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  27.36 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  52.5 
 
 		 335 aa  57  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  22.68 
 
 		 477 aa  56.6  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  22.6 
 
 		 390 aa  47.8  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3259  hypothetical protein  33.03 
 
 		 102 aa  43.1  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.564168 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>