71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2891 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0539  porin  71.54 
 
 		 484 aa  750    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  72.83 
 
 		 482 aa  729    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  68.9 
 
 		 483 aa  699    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  71.54 
 
 		 480 aa  730    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  100 
 
 		 506 aa  1013    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  63.94 
 
 		 495 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2696  porin  71.34 
 
 		 484 aa  726    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  70.12 
 
 		 488 aa  715    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  62.98 
 
 		 495 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  63.64 
 
 		 498 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  61.05 
 
 		 499 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  55.88 
 
 		 521 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  54.02 
 
 		 498 aa  524  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  53.12 
 
 		 521 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  52.35 
 
 		 506 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  52.92 
 
 		 519 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  52.55 
 
 		 497 aa  488  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  51.47 
 
 		 522 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  52.36 
 
 		 512 aa  479  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  50.28 
 
 		 502 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  38.26 
 
 		 488 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  33.46 
 
 		 491 aa  205  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  31.55 
 
 		 522 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  30.4 
 
 		 561 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  32.69 
 
 		 527 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  32.06 
 
 		 553 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  32.11 
 
 		 516 aa  187  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  31.37 
 
 		 533 aa  183  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  30.65 
 
 		 513 aa  181  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  33.2 
 
 		 531 aa  178  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  33.77 
 
 		 447 aa  178  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  31.71 
 
 		 491 aa  177  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  32.16 
 
 		 551 aa  177  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  32.22 
 
 		 550 aa  173  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  29.67 
 
 		 529 aa  172  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  29.54 
 
 		 553 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  29.54 
 
 		 553 aa  169  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  29.54 
 
 		 553 aa  169  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  29.8 
 
 		 559 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  29.32 
 
 		 546 aa  156  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  30.14 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  29.02 
 
 		 554 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  29.02 
 
 		 554 aa  144  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  30.02 
 
 		 560 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  28.6 
 
 		 547 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  28.29 
 
 		 565 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  28.92 
 
 		 547 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  33.83 
 
 		 372 aa  115  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  34.33 
 
 		 379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  32.63 
 
 		 384 aa  98.2  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  31.34 
 
 		 401 aa  94.7  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  34.5 
 
 		 406 aa  92.8  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  36.07 
 
 		 372 aa  85.9  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  31.63 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  28.69 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  34.59 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  30.3 
 
 		 391 aa  73.9  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0668  porin  35 
 
 		 345 aa  73.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  30.3 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  31.32 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  32.26 
 
 		 352 aa  69.3  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  27.14 
 
 		 335 aa  66.6  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  30.37 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  31.79 
 
 		 344 aa  65.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  26.18 
 
 		 386 aa  62.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  27.36 
 
 		 340 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  30.45 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  26.79 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  30.22 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  23.04 
 
 		 477 aa  52  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  24.66 
 
 		 390 aa  45.8  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>