68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0668 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0668  porin  100 
 
 		 345 aa  689    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  81.82 
 
 		 352 aa  526  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  51.83 
 
 		 340 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  50.42 
 
 		 342 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  52.29 
 
 		 337 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  52 
 
 		 335 aa  308  9e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  51.85 
 
 		 347 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  49.86 
 
 		 338 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  49.29 
 
 		 338 aa  285  9e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  47.22 
 
 		 348 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  47.09 
 
 		 344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  37.82 
 
 		 401 aa  186  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  33.84 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  46.36 
 
 		 379 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  37.88 
 
 		 406 aa  112  7.000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  40.91 
 
 		 553 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  40.91 
 
 		 553 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  40.91 
 
 		 553 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  33.67 
 
 		 391 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  32.58 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  33.42 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  39.49 
 
 		 384 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  39.61 
 
 		 506 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  32.21 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  34.02 
 
 		 559 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  44.39 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  38.54 
 
 		 482 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  43.33 
 
 		 521 aa  98.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  38.3 
 
 		 480 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  33.95 
 
 		 355 aa  97.1  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  33.8 
 
 		 522 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  34.13 
 
 		 499 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  36.63 
 
 		 488 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  33.8 
 
 		 527 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  35.89 
 
 		 488 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  42.74 
 
 		 521 aa  93.6  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  40.5 
 
 		 519 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  38.29 
 
 		 495 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0539  porin  36.23 
 
 		 484 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  34.86 
 
 		 553 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  32.52 
 
 		 495 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  32.48 
 
 		 498 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  34.91 
 
 		 502 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  34.94 
 
 		 497 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  32.18 
 
 		 491 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  38.4 
 
 		 506 aa  84  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  28.57 
 
 		 512 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  60 
 
 		 561 aa  82.8  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  32.46 
 
 		 522 aa  82.8  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  34.41 
 
 		 483 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  33.71 
 
 		 546 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  31.25 
 
 		 533 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2696  porin  36.1 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  36.16 
 
 		 550 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  38.42 
 
 		 551 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  36.78 
 
 		 531 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  28.22 
 
 		 498 aa  76.3  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  32.37 
 
 		 554 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  32.37 
 
 		 554 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  28.65 
 
 		 447 aa  70.5  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  33.54 
 
 		 560 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  27.84 
 
 		 565 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  27.17 
 
 		 529 aa  67  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  26.89 
 
 		 491 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  34.78 
 
 		 547 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  70.97 
 
 		 516 aa  61.6  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  33.91 
 
 		 547 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  22.98 
 
 		 513 aa  56.6  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>