69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3063 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  63.53 
 
 		 519 aa  641    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  63.15 
 
 		 521 aa  662    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  100 
 
 		 498 aa  1004    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  64.68 
 
 		 521 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  57.62 
 
 		 506 aa  566  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  59.13 
 
 		 497 aa  560  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  54.56 
 
 		 480 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0539  porin  54.26 
 
 		 484 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  53.15 
 
 		 506 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  55.25 
 
 		 482 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2696  porin  54.65 
 
 		 484 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  54.26 
 
 		 483 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  55.93 
 
 		 502 aa  525  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  54.28 
 
 		 495 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  53.55 
 
 		 512 aa  523  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  52.37 
 
 		 488 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  53.7 
 
 		 495 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  50.86 
 
 		 522 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  51.26 
 
 		 498 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  51.45 
 
 		 499 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  37.24 
 
 		 488 aa  232  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  31.65 
 
 		 527 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  32.56 
 
 		 491 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  32.14 
 
 		 522 aa  194  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  31.68 
 
 		 553 aa  189  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  31.46 
 
 		 533 aa  186  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  32.38 
 
 		 491 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  33.4 
 
 		 516 aa  182  9.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  31.14 
 
 		 531 aa  171  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  31.4 
 
 		 551 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  32.45 
 
 		 513 aa  169  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  31.93 
 
 		 550 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  30.46 
 
 		 561 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  30.34 
 
 		 529 aa  162  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  29.76 
 
 		 546 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  31.95 
 
 		 447 aa  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  28.48 
 
 		 559 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  28.62 
 
 		 553 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  28.36 
 
 		 553 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  28.36 
 
 		 553 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  28.72 
 
 		 554 aa  140  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  28.55 
 
 		 554 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  31.65 
 
 		 386 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  29.09 
 
 		 565 aa  137  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  28.44 
 
 		 560 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  28.34 
 
 		 547 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  27.31 
 
 		 547 aa  127  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  28.47 
 
 		 379 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  33.63 
 
 		 372 aa  97.1  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  32.93 
 
 		 401 aa  92.8  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  29.64 
 
 		 355 aa  89  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  29.77 
 
 		 406 aa  86.3  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  30.53 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  32.26 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  32.63 
 
 		 372 aa  80.1  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  30.53 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  32.11 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0668  porin  28.19 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  27.04 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  31.47 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  33.33 
 
 		 348 aa  67  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  28.89 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  30.28 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  27.27 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  35.45 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  25.43 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  50 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  60 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  29.77 
 
 		 386 aa  45.1  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>