73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2696 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0539  porin  93.18 
 
 		 484 aa  919    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2696  porin  100 
 
 		 484 aa  972    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  79.8 
 
 		 483 aa  757    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  80 
 
 		 482 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  81.56 
 
 		 480 aa  789    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  80.78 
 
 		 488 aa  792    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  71.34 
 
 		 506 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  65.6 
 
 		 495 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  65.35 
 
 		 498 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  65.67 
 
 		 499 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  64.74 
 
 		 495 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  54.17 
 
 		 521 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  55.26 
 
 		 498 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  51.84 
 
 		 506 aa  502  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  53.57 
 
 		 519 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  51.14 
 
 		 521 aa  488  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  53.33 
 
 		 497 aa  484  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  48.69 
 
 		 522 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  50.29 
 
 		 502 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  49.05 
 
 		 512 aa  455  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  38.33 
 
 		 488 aa  257  3e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  32.32 
 
 		 561 aa  210  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  34.1 
 
 		 491 aa  207  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  34.81 
 
 		 516 aa  200  6e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  34.06 
 
 		 522 aa  196  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  33.52 
 
 		 529 aa  194  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  32.45 
 
 		 527 aa  193  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  31.17 
 
 		 513 aa  190  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  33.66 
 
 		 491 aa  189  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  33.57 
 
 		 447 aa  182  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  31.27 
 
 		 553 aa  179  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  30.72 
 
 		 533 aa  176  9e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  29.73 
 
 		 553 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  28.82 
 
 		 553 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  28.82 
 
 		 553 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  32.7 
 
 		 551 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  31.41 
 
 		 531 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  29.28 
 
 		 546 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  31.63 
 
 		 550 aa  163  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  28.02 
 
 		 559 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  29.67 
 
 		 386 aa  158  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  29.22 
 
 		 554 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  29.44 
 
 		 554 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  28.92 
 
 		 560 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  28.2 
 
 		 565 aa  136  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  28.5 
 
 		 547 aa  123  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  28.46 
 
 		 547 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  33.44 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  34.73 
 
 		 379 aa  114  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  32.7 
 
 		 384 aa  103  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  29.06 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  29.6 
 
 		 355 aa  92.8  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  35.47 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  31.2 
 
 		 372 aa  89.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  29.36 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  32.99 
 
 		 391 aa  77.8  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  27.68 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0668  porin  30.29 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  33.08 
 
 		 348 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  30.67 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  31.11 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  30.37 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  31.68 
 
 		 344 aa  63.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  30.05 
 
 		 347 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  28.87 
 
 		 337 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  26.06 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  27.03 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  29.41 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  28.15 
 
 		 335 aa  57  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  23.65 
 
 		 386 aa  56.6  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  22.3 
 
 		 477 aa  50.8  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3753  hypothetical protein  25 
 
 		 344 aa  44.7  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.30057 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2624  hypothetical protein  22.5 
 
 		 470 aa  43.1  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.573828  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>