72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3960 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3381  porin  65.68 
 
 		 553 aa  691    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  91.52 
 
 		 560 aa  982    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  62.55 
 
 		 559 aa  655    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  100 
 
 		 554 aa  1111    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  64.39 
 
 		 553 aa  673    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  59.71 
 
 		 547 aa  652    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  59.35 
 
 		 547 aa  650    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  64.39 
 
 		 553 aa  673    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  98.92 
 
 		 554 aa  1100    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  55.51 
 
 		 491 aa  538  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  53 
 
 		 527 aa  532  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  53.6 
 
 		 553 aa  532  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  53.01 
 
 		 550 aa  531  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  53.08 
 
 		 551 aa  519  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  51.76 
 
 		 522 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  52.27 
 
 		 533 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  49.27 
 
 		 531 aa  488  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  50.35 
 
 		 565 aa  481  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  50.27 
 
 		 546 aa  475  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  32.31 
 
 		 516 aa  219  7.999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  32.6 
 
 		 529 aa  219  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  30.8 
 
 		 513 aa  218  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  30.03 
 
 		 561 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  32.47 
 
 		 491 aa  194  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  32.19 
 
 		 488 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  31.08 
 
 		 447 aa  162  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  30.37 
 
 		 506 aa  153  8e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  28.2 
 
 		 502 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  28.52 
 
 		 522 aa  146  9e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  29.86 
 
 		 495 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0539  porin  30.49 
 
 		 484 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  27.29 
 
 		 498 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  29.93 
 
 		 488 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  28.35 
 
 		 497 aa  144  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  28.28 
 
 		 519 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  28.15 
 
 		 495 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  29.02 
 
 		 506 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  28.82 
 
 		 499 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  26.97 
 
 		 386 aa  139  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  28.33 
 
 		 512 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  30.59 
 
 		 482 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  26.95 
 
 		 521 aa  136  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  28.85 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2696  porin  29.1 
 
 		 484 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  28.32 
 
 		 498 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  29.22 
 
 		 521 aa  130  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  28.85 
 
 		 483 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  30.62 
 
 		 401 aa  96.3  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  29.49 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  29.17 
 
 		 379 aa  81.3  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  30.45 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  28.77 
 
 		 375 aa  79.3  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  35.22 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  35.22 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  35.25 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  30.53 
 
 		 355 aa  70.1  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0668  porin  33.56 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  32.65 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  31.58 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  26.72 
 
 		 391 aa  65.1  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  32.14 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  25.48 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  33.56 
 
 		 348 aa  63.5  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  34.53 
 
 		 335 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  31.16 
 
 		 338 aa  62.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  29.56 
 
 		 347 aa  62  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  30.43 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  27.39 
 
 		 384 aa  60.8  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3226  hypothetical protein  38.95 
 
 		 119 aa  57.4  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3259  hypothetical protein  39.47 
 
 		 102 aa  53.9  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.564168 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3035  hypothetical protein  39.47 
 
 		 104 aa  53.9  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119748 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4187  porin  36.36 
 
 		 107 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278261  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>