72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0502 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2696  porin  79.8 
 
 		 484 aa  764    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234066  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0539  porin  79.8 
 
 		 484 aa  783    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0502  putative Omp2b porin  100 
 
 		 483 aa  971    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711534  normal  0.785623 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  84.06 
 
 		 480 aa  819    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  68.31 
 
 		 506 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  76.42 
 
 		 488 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  83.64 
 
 		 482 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2143  hypothetical protein  64.67 
 
 		 495 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.195758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3281  hypothetical protein  63.29 
 
 		 498 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.231223  hitchhiker  0.00622274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  64.07 
 
 		 495 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  62.57 
 
 		 499 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4701  porin precursor domain-containing protein  54.73 
 
 		 521 aa  538  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.200175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3063  porin precursor domain-containing protein  54.26 
 
 		 498 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.033522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  52.47 
 
 		 521 aa  507  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  52.46 
 
 		 519 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  49.9 
 
 		 506 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2957  putative porin  50.88 
 
 		 497 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2266  putative porin  49.51 
 
 		 502 aa  456  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710221  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1933  putative porin  47.65 
 
 		 522 aa  451  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4187  normal  0.880219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0664  putative porin  47.21 
 
 		 512 aa  451  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3823  porin  38.77 
 
 		 488 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366853  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2286  porin  35.77 
 
 		 491 aa  215  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0734  porin  31.72 
 
 		 561 aa  210  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0879191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  32.6 
 
 		 522 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  33.72 
 
 		 516 aa  196  6e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  30.95 
 
 		 527 aa  196  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  33.66 
 
 		 491 aa  193  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  33.92 
 
 		 447 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  33.46 
 
 		 529 aa  191  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  31.27 
 
 		 553 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2544  porin  31.77 
 
 		 513 aa  182  9.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  31.05 
 
 		 533 aa  177  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  29.28 
 
 		 559 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  31.24 
 
 		 551 aa  163  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  31.12 
 
 		 550 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  28.55 
 
 		 546 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  29.71 
 
 		 386 aa  160  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  27.4 
 
 		 553 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  27.4 
 
 		 553 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  27.19 
 
 		 553 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  30.16 
 
 		 531 aa  154  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  27.08 
 
 		 565 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  28.8 
 
 		 560 aa  130  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  28.5 
 
 		 554 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  28.07 
 
 		 554 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  26.28 
 
 		 547 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  26.17 
 
 		 547 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  34.21 
 
 		 379 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  29.29 
 
 		 372 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3597  porin  32.13 
 
 		 384 aa  99.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  29.85 
 
 		 372 aa  94.4  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  34.5 
 
 		 406 aa  91.3  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  32.49 
 
 		 375 aa  90.5  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  27.97 
 
 		 355 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  27.82 
 
 		 401 aa  87  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  34 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0637  porin Omp2a  34.17 
 
 		 367 aa  80.9  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0668  porin  32.95 
 
 		 345 aa  79.3  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0670  porin  30.92 
 
 		 352 aa  75.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  36.84 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6754  porin  33.33 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5842  porin  34.07 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  34.59 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  26.79 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  28.51 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  27.14 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  30.56 
 
 		 342 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  26.92 
 
 		 390 aa  61.6  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  30.56 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  22.6 
 
 		 477 aa  57.8  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  24.64 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2501  hypothetical protein  20.53 
 
 		 408 aa  44.7  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>