189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4317 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4317  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  100 
 
 		 324 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1095  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  91.33 
 
 		 323 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1135  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  91.02 
 
 		 323 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.811052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1124  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  79.25 
 
 		 327 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  59.56 
 
 		 327 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  56.92 
 
 		 343 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  60.82 
 
 		 344 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  60.98 
 
 		 344 aa  342  7e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  56.92 
 
 		 343 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  44.98 
 
 		 357 aa  263  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  46.2 
 
 		 349 aa  255  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  46.01 
 
 		 349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  46.32 
 
 		 349 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  46.32 
 
 		 349 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  46.32 
 
 		 349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  45.19 
 
 		 350 aa  252  7e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  45.71 
 
 		 349 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  44.11 
 
 		 350 aa  249  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  45.71 
 
 		 349 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  45.71 
 
 		 349 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  45.71 
 
 		 349 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  45.71 
 
 		 349 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.26 
 
 		 352 aa  249  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.142338 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.5 
 
 		 352 aa  247  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  43.5 
 
 		 352 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  43.15 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  43.81 
 
 		 352 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  43.81 
 
 		 352 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  43.5 
 
 		 352 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  43.5 
 
 		 352 aa  245  6e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  43.81 
 
 		 352 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.58 
 
 		 353 aa  244  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  43.2 
 
 		 352 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  42.9 
 
 		 352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  43.2 
 
 		 351 aa  243  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  43.64 
 
 		 350 aa  242  6e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  43.5 
 
 		 352 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  42.82 
 
 		 350 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  43.5 
 
 		 352 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  43.2 
 
 		 352 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  43.2 
 
 		 352 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  43.67 
 
 		 350 aa  239  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  45.92 
 
 		 350 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  41.18 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  42.9 
 
 		 352 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  44.44 
 
 		 348 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.81 
 
 		 350 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  40.49 
 
 		 328 aa  233  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  42.68 
 
 		 361 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  41.86 
 
 		 348 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.6 
 
 		 352 aa  232  8.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  41.44 
 
 		 350 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.59 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  44.38 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  37.75 
 
 		 357 aa  228  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.65 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  44.68 
 
 		 351 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  43.29 
 
 		 343 aa  226  4e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  44.07 
 
 		 364 aa  226  6e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  41.12 
 
 		 350 aa  223  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.08 
 
 		 353 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  39.09 
 
 		 363 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  38.3 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.99 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.18 
 
 		 338 aa  209  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  43.88 
 
 		 351 aa  209  7e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.96 
 
 		 345 aa  208  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  40 
 
 		 359 aa  206  5e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.65 
 
 		 353 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2018  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.14 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.95 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.54 
 
 		 357 aa  186  7e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  39.74 
 
 		 334 aa  185  9e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.4 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.32 
 
 		 357 aa  182  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.81 
 
 		 362 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  37.5 
 
 		 362 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.77 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.48 
 
 		 355 aa  172  6.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.56 
 
 		 337 aa  169  4e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0721  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.44 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270161  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0813  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.06 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337614  normal  0.474705 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  36.84 
 
 		 360 aa  162  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.8 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.19 
 
 		 335 aa  159  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.93 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.09 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.46 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00551024  hitchhiker  0.00264587 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.75 
 
 		 325 aa  149  7e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.44 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.5 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.15 
 
 		 331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.79 
 
 		 326 aa  139  6e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.19 
 
 		 338 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0784392  normal  0.0118792 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2594  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.6 
 
 		 330 aa  134  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>