More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3703 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3703  NADH dehydrogenase subunit N  100 
 
 
489 aa  955    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.404917  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4131  NADH dehydrogenase subunit N  99.18 
 
 
489 aa  948    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2557  NADH dehydrogenase subunit N  75.31 
 
 
486 aa  715    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3377  NADH dehydrogenase I, N subunit  83.64 
 
 
489 aa  798    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1861  NADH dehydrogenase subunit N  97.96 
 
 
489 aa  932    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490828  normal  0.0339146 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3209  NADH dehydrogenase subunit N  84.46 
 
 
489 aa  803    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.156976  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3615  NADH dehydrogenase subunit N  88.04 
 
 
487 aa  852    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23886  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2424  NADH dehydrogenase subunit N  75.93 
 
 
494 aa  701    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.713557 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28560  NADH dehydrogenase subunit N  76.8 
 
 
490 aa  708    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221247  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1734  NADH dehydrogenase subunit N  99.39 
 
 
489 aa  949    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0116065  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29850  NADH dehydrogenase subunit N  75.1 
 
 
486 aa  694    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0182151  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1804  NADH dehydrogenase subunit N  59.55 
 
 
487 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0242179 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1572  NADH dehydrogenase subunit N  59.55 
 
 
487 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1466  NADH dehydrogenase subunit N  59.55 
 
 
487 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3296  NADH dehydrogenase subunit N  58.97 
 
 
485 aa  566  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2538  NADH dehydrogenase subunit N  59.18 
 
 
485 aa  566  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2760  NADH dehydrogenase subunit N  58.97 
 
 
485 aa  565  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2500  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2662  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819952  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2544  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2555  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.968659 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1504  NADH dehydrogenase subunit N  58.97 
 
 
485 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2455  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.756479  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1381  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  58.35 
 
 
485 aa  561  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3415  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  561  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.684658  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2569  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  561  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2652  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  560  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2430  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  561  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2425  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  561  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2820  NADH dehydrogenase subunit N  57.94 
 
 
485 aa  560  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1376  NADH dehydrogenase subunit N  58.35 
 
 
485 aa  561  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.94237 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3120  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  63 
 
 
476 aa  557  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.545903  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1406  NADH dehydrogenase subunit N  59.18 
 
 
485 aa  545  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.614408  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1009  NADH dehydrogenase subunit N  58.18 
 
 
487 aa  514  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02201  NADH dehydrogenase subunit N  59.76 
 
 
425 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02161  hypothetical protein  59.76 
 
 
425 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0596  NADH dehydrogenase I, subunit N  48.06 
 
 
492 aa  428  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0585149  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0585  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  47.44 
 
 
492 aa  426  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0369  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  46.72 
 
 
484 aa  399  9.999999999999999e-111  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1687  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  48.2 
 
 
491 aa  396  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.527467  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1115  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  47.53 
 
 
481 aa  376  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1347  NADH dehydrogenase I, N subunit  50.34 
 
 
493 aa  366  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465517  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1025  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  45.23 
 
 
507 aa  355  7.999999999999999e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.225352  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1108  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  48.7 
 
 
486 aa  355  1e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3813  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  44.21 
 
 
479 aa  338  9.999999999999999e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.66 
 
 
476 aa  276  8e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2036  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.71 
 
 
476 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2872  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  39.65 
 
 
473 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0359336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4231  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.68 
 
 
487 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0521888  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.24 
 
 
484 aa  254  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000145743 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0559  NADH dehydrogenase subunit N  35.53 
 
 
482 aa  254  3e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0351  NADH dehydrogenase I, N subunit  35.33 
 
 
484 aa  253  7e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1604  NADH dehydrogenase subunit N  35.11 
 
 
482 aa  253  8.000000000000001e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3125  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.95 
 
 
487 aa  252  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0998153  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3342  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.99 
 
 
484 aa  251  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.572203 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3382  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.97 
 
 
498 aa  249  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0875  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.3 
 
 
489 aa  248  2e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000367374  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3913  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.89 
 
 
484 aa  248  2e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00947726  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1303  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.34 
 
 
492 aa  246  6e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.346508  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0903  NADH dehydrogenase subunit N  38.87 
 
 
480 aa  244  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1729  NADH dehydrogenase subunit N  40.17 
 
 
479 aa  242  9e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.31279  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4403  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.83 
 
 
482 aa  241  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.511362 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2048  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  39.58 
 
 
482 aa  240  5e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0706  NADH dehydrogenase (quinone)  45.95 
 
 
493 aa  239  9e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0934  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  44.06 
 
 
478 aa  238  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0987  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.63 
 
 
476 aa  238  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.740525 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6669  NADH dehydrogenase subunit N  40.97 
 
 
527 aa  238  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.32 
 
 
483 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149081  normal  0.0891117 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3541  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2  37.66 
 
 
517 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2573  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2  37.4 
 
 
517 aa  236  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1655  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  39.06 
 
 
505 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1755  NADH dehydrogenase subunit N  34.38 
 
 
489 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.97062  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3741  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  39.32 
 
 
496 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2385  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.21 
 
 
477 aa  234  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.644113  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1036  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.3 
 
 
489 aa  234  3e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.14168  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4450  NADH dehydrogenase subunit N  37.75 
 
 
517 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6081  NADH dehydrogenase subunit N  36.63 
 
 
525 aa  233  4.0000000000000004e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.110673 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0551  NADH dehydrogenase subunit N  37.38 
 
 
511 aa  233  8.000000000000001e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.170778 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0830  NADH dehydrogenase subunit N  32.85 
 
 
478 aa  232  9e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4069  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.1 
 
 
457 aa  232  1e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.103655  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4494  NADH dehydrogenase subunit N  36.88 
 
 
527 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234368  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.4 
 
 
483 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175572  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1874  NADH dehydrogenase subunit N  36.26 
 
 
478 aa  230  4e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.687941  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4620  NADH dehydrogenase subunit N  33.12 
 
 
476 aa  230  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0124009 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3211  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.99 
 
 
491 aa  230  4e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4052  NADH dehydrogenase subunit N  37.62 
 
 
517 aa  230  4e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0389  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.32 
 
 
572 aa  230  4e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.655612  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2046  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.8 
 
 
481 aa  230  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.435365  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2230  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.13 
 
 
498 aa  230  5e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0533  NADH dehydrogenase subunit N  37.63 
 
 
533 aa  230  5e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1356  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
490 aa  229  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00252031  normal  0.0117379 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1312  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 
490 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1816  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 
490 aa  229  7e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.266253  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1449  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 
490 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0426  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 
485 aa  229  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.3165  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0724  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 
485 aa  229  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.482677  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1303  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 
490 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573769  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4139  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.18 
 
 
482 aa  229  7e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1143  NADH dehydrogenase subunit N  33.72 
 
 
485 aa  229  7e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.271552  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2274  NADH dehydrogenase subunit N  34.81 
 
 
488 aa  229  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>