More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1009 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1009  NADH dehydrogenase subunit N  100 
 
 
487 aa  956    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3296  NADH dehydrogenase subunit N  63.67 
 
 
485 aa  620  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1466  NADH dehydrogenase subunit N  61.98 
 
 
487 aa  607  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1804  NADH dehydrogenase subunit N  61.78 
 
 
487 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0242179 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1572  NADH dehydrogenase subunit N  61.98 
 
 
487 aa  607  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1504  NADH dehydrogenase subunit N  61.17 
 
 
485 aa  598  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2820  NADH dehydrogenase subunit N  61.17 
 
 
485 aa  599  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2760  NADH dehydrogenase subunit N  60.96 
 
 
485 aa  597  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1381  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  60.96 
 
 
485 aa  593  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2425  NADH dehydrogenase subunit N  60.96 
 
 
485 aa  593  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2569  NADH dehydrogenase subunit N  60.96 
 
 
485 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3415  NADH dehydrogenase subunit N  60.96 
 
 
485 aa  593  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.684658  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2430  NADH dehydrogenase subunit N  60.96 
 
 
485 aa  593  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2455  NADH dehydrogenase subunit N  60.54 
 
 
485 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.756479  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2544  NADH dehydrogenase subunit N  60.54 
 
 
485 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2662  NADH dehydrogenase subunit N  60.33 
 
 
485 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819952  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2555  NADH dehydrogenase subunit N  60.54 
 
 
485 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.968659 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1376  NADH dehydrogenase subunit N  60.75 
 
 
485 aa  591  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.94237 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2652  NADH dehydrogenase subunit N  60.54 
 
 
485 aa  588  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2500  NADH dehydrogenase subunit N  60.54 
 
 
485 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2538  NADH dehydrogenase subunit N  60.13 
 
 
485 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3615  NADH dehydrogenase subunit N  58.59 
 
 
487 aa  559  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23886  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1406  NADH dehydrogenase subunit N  60.75 
 
 
485 aa  555  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.614408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02201  NADH dehydrogenase subunit N  63.79 
 
 
425 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02161  hypothetical protein  63.79 
 
 
425 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3703  NADH dehydrogenase subunit N  58.18 
 
 
489 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.404917  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2557  NADH dehydrogenase subunit N  59.58 
 
 
486 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794152  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1861  NADH dehydrogenase subunit N  58.18 
 
 
489 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490828  normal  0.0339146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28560  NADH dehydrogenase subunit N  60 
 
 
490 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221247  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3377  NADH dehydrogenase I, N subunit  57.88 
 
 
489 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3209  NADH dehydrogenase subunit N  58.09 
 
 
489 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.156976  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29850  NADH dehydrogenase subunit N  59.79 
 
 
486 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0182151  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4131  NADH dehydrogenase subunit N  57.97 
 
 
489 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1734  NADH dehydrogenase subunit N  57.97 
 
 
489 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0116065  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3120  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  59.07 
 
 
476 aa  520  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.545903  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2424  NADH dehydrogenase subunit N  58.56 
 
 
494 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.713557 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0596  NADH dehydrogenase I, subunit N  47 
 
 
492 aa  425  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0585149  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0585  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  46.58 
 
 
492 aa  423  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0369  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  47.9 
 
 
484 aa  412  1e-114  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1687  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  43.79 
 
 
491 aa  371  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.527467  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1115  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  45.82 
 
 
481 aa  354  2e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1347  NADH dehydrogenase I, N subunit  46.26 
 
 
493 aa  348  1e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.465517  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1108  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  47.82 
 
 
486 aa  337  3.9999999999999995e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1025  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  39.12 
 
 
507 aa  318  2e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.225352  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3813  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.91 
 
 
479 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3382  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  39.34 
 
 
498 aa  264  2e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3913  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.33 
 
 
484 aa  256  5e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00947726  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2230  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  39.57 
 
 
498 aa  256  6e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4069  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.15 
 
 
457 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.103655  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.47 
 
 
484 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000145743 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.65 
 
 
476 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2872  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  41.55 
 
 
473 aa  249  7e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0359336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4231  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.8 
 
 
487 aa  249  9e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0521888  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2036  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.89 
 
 
476 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0351  NADH dehydrogenase I, N subunit  38.67 
 
 
484 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3342  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.63 
 
 
484 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.572203 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0444  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  40.61 
 
 
491 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0443  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  40.61 
 
 
491 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3125  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.35 
 
 
487 aa  243  7e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0998153  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0415  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  40.61 
 
 
491 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1036  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.92 
 
 
489 aa  242  1e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.14168  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0706  NADH dehydrogenase (quinone)  39.38 
 
 
493 aa  239  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1312  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
490 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0426  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
485 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.3165  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1816  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
490 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.266253  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1449  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
490 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0987  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.62 
 
 
476 aa  234  4.0000000000000004e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.740525 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1303  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
490 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573769  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0724  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
485 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.482677  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1143  NADH dehydrogenase subunit N  35.21 
 
 
485 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.271552  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3211  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.57 
 
 
491 aa  233  6e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1303  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.62 
 
 
492 aa  231  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.346508  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1356  NADH dehydrogenase subunit N  33.8 
 
 
490 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00252031  normal  0.0117379 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1604  NADH dehydrogenase subunit N  34.79 
 
 
482 aa  231  3e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3201  NADH dehydrogenase subunit N  33.8 
 
 
490 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319113  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1074  NADH dehydrogenase subunit N  34.74 
 
 
485 aa  230  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0559  NADH dehydrogenase subunit N  34.62 
 
 
482 aa  230  5e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6669  NADH dehydrogenase subunit N  38.61 
 
 
527 aa  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4405  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.17 
 
 
521 aa  228  3e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4154  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  38.72 
 
 
489 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0272141 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1534  NADH dehydrogenase subunit N  39.3 
 
 
524 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.342109 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2274  NADH dehydrogenase subunit N  34.51 
 
 
488 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2153  NADH dehydrogenase subunit N  34.51 
 
 
488 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.175496  normal  0.239653 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2260  NADH dehydrogenase subunit N  33.87 
 
 
488 aa  224  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.664069 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1624  NADH dehydrogenase subunit N  33.87 
 
 
488 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2236  NADH dehydrogenase subunit N  33.87 
 
 
488 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5564  NADH dehydrogenase subunit N  33.87 
 
 
489 aa  223  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.345499 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.29 
 
 
483 aa  223  7e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149081  normal  0.0891117 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3896  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.75 
 
 
464 aa  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4052  NADH dehydrogenase subunit N  37.53 
 
 
517 aa  222  9.999999999999999e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4450  NADH dehydrogenase subunit N  36.8 
 
 
517 aa  222  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0934  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.49 
 
 
478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1564  NADH dehydrogenase subunit N  39.12 
 
 
524 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1588  NADH dehydrogenase subunit N  39.12 
 
 
524 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7678  NADH dehydrogenase subunit N  34.32 
 
 
557 aa  221  3e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3541  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2  35.14 
 
 
517 aa  221  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4494  NADH dehydrogenase subunit N  36.81 
 
 
527 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234368  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2048  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.27 
 
 
482 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2573  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2  34.88 
 
 
517 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1041  NADH dehydrogenase subunit N  33.96 
 
 
491 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.327315 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>