More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0191 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0191  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
244 aa  485  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.915338  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0660  flagellar biosynthesis sigma factor  52.56 
 
 
231 aa  225  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0202  flagellar biosynthesis sigma factor  52.56 
 
 
231 aa  225  6e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3352  flagellar biosynthesis sigma factor  49.78 
 
 
238 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.599421  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0282  flagellar biosynthesis sigma factor  48.91 
 
 
239 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00828678  normal  0.769765 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0180  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon FliA  51.14 
 
 
369 aa  215  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0233  flagellar biosynthesis sigma factor  50.68 
 
 
236 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3950  flagellar biosynthesis sigma factor  52.83 
 
 
238 aa  207  9e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3449  flagellar biosynthesis sigma factor  52.83 
 
 
238 aa  207  9e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.444138  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3633  flagellar biosynthesis sigma factor  50.94 
 
 
236 aa  205  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00869538  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0051  flagellar biosynthesis sigma factor  51.43 
 
 
240 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.900468  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  46.61 
 
 
242 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0057  flagellar biosynthesis sigma factor  50.47 
 
 
240 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04951  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit/flagellum specific  43.53 
 
 
242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001167  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  44.09 
 
 
242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  37.84 
 
 
236 aa  142  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  38.32 
 
 
248 aa  142  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.93 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  38.84 
 
 
231 aa  138  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  37.56 
 
 
253 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  40 
 
 
246 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  40 
 
 
246 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  37.84 
 
 
239 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  40.43 
 
 
246 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  37.84 
 
 
247 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  39.44 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  39.44 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  41.36 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  37.1 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  37.1 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  39.09 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.28 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.79 
 
 
232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.83 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.89 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  38.26 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  35.85 
 
 
238 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.21 
 
 
238 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1313  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.12 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.14 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  37.22 
 
 
246 aa  129  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.91 
 
 
255 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  33.19 
 
 
262 aa  128  7.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.85 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  35.24 
 
 
238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.85 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.56 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.21 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  38.43 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  31.28 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  38.14 
 
 
243 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.6 
 
 
247 aa  126  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.21 
 
 
237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  36.7 
 
 
250 aa  125  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.39 
 
 
241 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  36.71 
 
 
239 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.96 
 
 
250 aa  123  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  36.61 
 
 
244 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.96 
 
 
250 aa  123  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  37.85 
 
 
238 aa  123  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.06 
 
 
260 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
244 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.33 
 
 
254 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
243 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
243 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  37.96 
 
 
243 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
243 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  37.96 
 
 
244 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  35.89 
 
 
250 aa  122  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.62 
 
 
238 aa  122  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  36.92 
 
 
240 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  38.1 
 
 
237 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  34.76 
 
 
244 aa  121  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  37.21 
 
 
244 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.48 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  36.74 
 
 
242 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.25 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  38.25 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  38.25 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  35.78 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  35.81 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  38.25 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  38.25 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  36.45 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  38.25 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.35 
 
 
238 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  35.38 
 
 
241 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  34.93 
 
 
239 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  35.71 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  35.71 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  34.93 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  35.58 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  33.79 
 
 
244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>