117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2723 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  100 
 
 
66 aa  133  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  60.94 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  65.52 
 
 
62 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  62.5 
 
 
65 aa  84  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  59.68 
 
 
101 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  59.68 
 
 
103 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  55.38 
 
 
65 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  60.34 
 
 
62 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  62.07 
 
 
63 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  56.9 
 
 
63 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  56.9 
 
 
63 aa  77  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  62.5 
 
 
66 aa  77  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  56.9 
 
 
63 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  56.67 
 
 
63 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  54.84 
 
 
126 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  54.84 
 
 
126 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  63.49 
 
 
79 aa  74.7  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  63.49 
 
 
66 aa  74.3  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  63.49 
 
 
79 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  54.84 
 
 
126 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  55 
 
 
81 aa  73.6  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  67.35 
 
 
52 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  54.84 
 
 
64 aa  71.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  54.84 
 
 
64 aa  71.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  54.84 
 
 
64 aa  71.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  53.33 
 
 
63 aa  71.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  59.38 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  59.38 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  54.84 
 
 
64 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  48.48 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  59.68 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  52.31 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  51.85 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  55.38 
 
 
65 aa  65.1  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  51.61 
 
 
104 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  47.54 
 
 
76 aa  63.5  0.0000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  50 
 
 
63 aa  63.5  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  41.67 
 
 
85 aa  61.6  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  43.33 
 
 
64 aa  61.6  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  50 
 
 
126 aa  60.8  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  46.88 
 
 
64 aa  58.2  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3846  preprotein translocase, SecE subunit  58.33 
 
 
98 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  44.44 
 
 
63 aa  50.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  43.1 
 
 
60 aa  50.8  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  40.32 
 
 
66 aa  50.4  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  38.18 
 
 
115 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  36.84 
 
 
125 aa  49.7  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4015  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
83 aa  47.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0367352  hitchhiker  0.00000028669 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0266  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  38.33 
 
 
115 aa  47.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00308098  hitchhiker  0.00137847 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0408  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  40 
 
 
122 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000649073  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  37.04 
 
 
83 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3040  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.078937 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0613  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 
61 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000809702 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0636  preprotein translocase subunit SecE  32.76 
 
 
81 aa  45.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0204461  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2078  preprotein translocase, SecE subunit  40.74 
 
 
82 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3351  preprotein translocase subunit SecE  39.29 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.558222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0592  preprotein translocase, SecE subunit  36.21 
 
 
125 aa  43.9  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000922511  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1449  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 
83 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1931  preprotein translocase, SecE subunit  39.66 
 
 
129 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000112962  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0267  preprotein translocase subunit SecE  32.76 
 
 
74 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00826635  normal  0.0562332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2258  preprotein translocase subunit SecE  36.21 
 
 
144 aa  43.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.479635  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0235  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
126 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0172434  normal  0.0123007 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0092  preprotein translocase subunit SecE  38.89 
 
 
60 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0484  preprotein translocase, SecE subunit  39.29 
 
 
116 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00122537  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0313  preprotein translocase, SecE subunit  39.29 
 
 
116 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.663429  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2973  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
126 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0176  preprotein translocase subunit SecE  37.1 
 
 
60 aa  42.7  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.103844  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3433  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00023001  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0282  SecE subunit of protein translocation complex  33.33 
 
 
132 aa  42.7  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632695  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2773  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101762  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0253  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0223726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0334  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000349091  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0558  preprotein translocase subunit SecE  37.1 
 
 
60 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00292414  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0572  preprotein translocase subunit SecE  37.1 
 
 
60 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000919573  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1766  preprotein translocase, SecE subunit  30.19 
 
 
78 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000113804  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0313  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000158246  normal  0.139 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0262  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000233394  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0536  preprotein translocase subunit SecE  39.39 
 
 
85 aa  42.4  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.310096  hitchhiker  0.00455289 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3320  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
126 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160512  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0179  preprotein translocase, SecE subunit  35.09 
 
 
63 aa  42.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000111498  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1742  preprotein translocase, SecE subunit  30.19 
 
 
78 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  37.5 
 
 
62 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2337  SecE subunit of protein translocation complex  43.48 
 
 
115 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000000944719  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  35.09 
 
 
127 aa  42  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0504  preprotein translocase subunit SecE  36.21 
 
 
127 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  35.09 
 
 
127 aa  42  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0096  preprotein translocase subunit SecE  37.04 
 
 
60 aa  42  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000178196  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4778  preprotein translocase, SecE subunit  33.9 
 
 
126 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0308263  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  31.58 
 
 
62 aa  41.6  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0849  preprotein translocase, SecE subunit  38.3 
 
 
63 aa  41.6  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235049  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2660  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  33.87 
 
 
81 aa  41.2  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.220907  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3340  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
126 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0582  preprotein translocase subunit SecE  42.86 
 
 
127 aa  41.2  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4537  preprotein translocase subunit SecE  35.71 
 
 
128 aa  40.8  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0688027  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0306  preprotein translocase subunit SecE  37.88 
 
 
117 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000970626  normal  0.0458537 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1055  preprotein translocase subunit SecE  34.43 
 
 
64 aa  40.8  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.307784  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0468  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 
65 aa  40.8  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000605579  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4289  preprotein translocase, SecE subunit  37.25 
 
 
122 aa  40.4  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000573217  hitchhiker  0.00000222433 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0483  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 
65 aa  40.8  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000407474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>