134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2561 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  100 
 
 
65 aa  130  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  68.25 
 
 
64 aa  93.2  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  52.31 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  52.38 
 
 
126 aa  68.6  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  53.97 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  44.62 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  45.16 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  45.16 
 
 
63 aa  64.3  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  48.39 
 
 
126 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  48.39 
 
 
126 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  46.15 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  50.85 
 
 
63 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  49.15 
 
 
63 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  45.9 
 
 
101 aa  62  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  47.46 
 
 
63 aa  62  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  47.37 
 
 
62 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  49.15 
 
 
63 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  47.54 
 
 
63 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  45.9 
 
 
103 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  45.9 
 
 
126 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  44.26 
 
 
81 aa  60.5  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  53.23 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  47.37 
 
 
62 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  53.23 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  53.23 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  37.93 
 
 
85 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  44.9 
 
 
67 aa  55.5  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
64 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
64 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
64 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
64 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  47.27 
 
 
83 aa  53.9  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03857  translocase  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000542011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4014  preprotein translocase, SecE subunit  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000048748  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4389  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000515047  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  42.37 
 
 
63 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  46.15 
 
 
65 aa  53.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03810  hypothetical protein  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000544894  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5446  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000383194  hitchhiker  0.0067856 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3866  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  8.21747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4214  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.05954e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4520  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  44.26 
 
 
66 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2804  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000191785  normal  0.0790705 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0333  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000137856  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4044  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000141034  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4553  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00306238  hitchhiker  0.000000000000770632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4429  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000053467  hitchhiker  0.0000280733 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4469  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000281914  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4479  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000837942  decreased coverage  0.00000000000000405738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4476  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000966143  hitchhiker  0.00190417 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4357  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000161707  normal  0.74438 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0199  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00725856  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3737  preprotein translocase subunit SecE  37.29 
 
 
127 aa  52.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  44.26 
 
 
66 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0191  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000178123  normal  0.246715 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0204  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00011223  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0271  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179127  normal  0.0228965 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3891  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 
127 aa  51.6  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00311904  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  47.06 
 
 
52 aa  51.6  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  40.98 
 
 
76 aa  51.2  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  43.55 
 
 
66 aa  51.6  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  43.4 
 
 
63 aa  51.2  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  38.6 
 
 
127 aa  50.8  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0496  preprotein translocase, SecE subunit  35.09 
 
 
127 aa  50.4  0.000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  40.98 
 
 
66 aa  49.7  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  52.38 
 
 
104 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  43.33 
 
 
67 aa  49.3  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  37.04 
 
 
115 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1055  preprotein translocase subunit SecE  40.98 
 
 
64 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.307784  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0536  preprotein translocase subunit SecE  43.64 
 
 
85 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.310096  hitchhiker  0.00455289 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  36.84 
 
 
127 aa  48.9  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  37.5 
 
 
62 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3452  preprotein translocase, SecE subunit  35.19 
 
 
126 aa  48.9  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0834963  normal  0.0121626 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1067  hypothetical protein  45.1 
 
 
82 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.882729 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0171  preprotein translocase subunit SecE  42.31 
 
 
123 aa  48.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000158213  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1766  preprotein translocase, SecE subunit  38.46 
 
 
78 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000113804  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1449  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
83 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1742  preprotein translocase, SecE subunit  38.46 
 
 
78 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0592  preprotein translocase, SecE subunit  38.18 
 
 
125 aa  47.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000922511  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2724  preprotein translocase subunit SecE  39.22 
 
 
131 aa  47.4  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108515  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0266  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  41.54 
 
 
115 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00308098  hitchhiker  0.00137847 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002167  preprotein translocase subunit SecE  34.55 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000092259  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00231  preprotein translocase subunit SecE  34.55 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2872b  preprotein translocase subunit SecE  33.93 
 
 
125 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00131077  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0252  preprotein translocase, SecE subunit  35.59 
 
 
66 aa  46.2  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310044  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  33.33 
 
 
62 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00689  Preprotein translocase subunit SecE  37.74 
 
 
112 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000478021  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  44.19 
 
 
125 aa  45.4  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4357  preprotein translocase, SecE subunit  43.75 
 
 
84 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  41.67 
 
 
64 aa  45.4  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4330  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000313064  hitchhiker  0.00000000188244 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4703  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000037355  hitchhiker  0.00000444162 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0218  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0186  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000826672  hitchhiker  0.00751304 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0186  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000112124  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4069  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432284  hitchhiker  0.00908786 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4469  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0145  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000598149  normal  0.0330046 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0187  preprotein translocase subunit SecE  40.38 
 
 
123 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000823053  hitchhiker  0.000548476 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>