91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0226 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  100 
 
 		 65 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  67.21 
 
 		 81 aa  89  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  67.19 
 
 		 64 aa  86.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  64.06 
 
 		 64 aa  84.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  64.06 
 
 		 64 aa  84.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  64.06 
 
 		 64 aa  84.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  58.73 
 
 		 65 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  60.66 
 
 		 63 aa  75.5  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  50.77 
 
 		 65 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  55.38 
 
 		 66 aa  73.9  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  53.97 
 
 		 63 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  55.93 
 
 		 62 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  54.24 
 
 		 63 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  54.24 
 
 		 63 aa  71.6  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  52.54 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  53.33 
 
 		 101 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  53.33 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  50.79 
 
 		 76 aa  66.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  46.15 
 
 		 67 aa  66.2  0.0000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  50.85 
 
 		 62 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  50 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  50.91 
 
 		 104 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  46.67 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  48.33 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  48.33 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  56.45 
 
 		 79 aa  61.6  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  59.32 
 
 		 66 aa  61.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  56.45 
 
 		 79 aa  61.6  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  46.15 
 
 		 65 aa  60.1  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  45.76 
 
 		 63 aa  60.1  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  54 
 
 		 52 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  49.15 
 
 		 66 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  53.45 
 
 		 66 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  53.45 
 
 		 66 aa  57  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  53.85 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  44.07 
 
 		 64 aa  55.5  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  52.46 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  43.33 
 
 		 85 aa  54.3  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  46.43 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  46 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  50 
 
 		 64 aa  50.1  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0636  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0204461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  34.92 
 
 		 63 aa  47.4  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0267  preprotein translocase subunit SecE  35.59 
 
 		 74 aa  47  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00826635  normal  0.0562332 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4015  preprotein translocase subunit SecE  41.18 
 
 		 83 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0367352  hitchhiker  0.00000028669 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1110  preprotein translocase, SecE subunit  43.86 
 
 		 158 aa  46.2  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.103006  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4331  preprotein translocase, SecE subunit  42.37 
 
 		 125 aa  44.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.673336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1742  preprotein translocase, SecE subunit  39.22 
 
 		 78 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1766  preprotein translocase, SecE subunit  39.22 
 
 		 78 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000113804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0610  preprotein translocase, SecE subunit  47.37 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0849  preprotein translocase, SecE subunit  36.84 
 
 		 63 aa  43.5  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235049  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2660  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  36.07 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.220907  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4389  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000515047  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0271  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179127  normal  0.0228965 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4357  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000161707  normal  0.74438 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4476  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000966143  hitchhiker  0.00190417 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4553  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00306238  hitchhiker  0.000000000000770632 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5446  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000383194  hitchhiker  0.0067856 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03810  hypothetical protein  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000544894  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0199  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00725856  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0204  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00011223  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4357  preprotein translocase, SecE subunit  36.21 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5108  preprotein translocase, SecE subunit  34.43 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502951  normal  0.432233 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4479  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000837942  decreased coverage  0.00000000000000405738 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  34.55 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0191  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000178123  normal  0.246715 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3866  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  8.21747e-19  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4014  preprotein translocase, SecE subunit  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000048748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4214  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.05954e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4520  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000132073  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03857  translocase  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000542011  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2804  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000191785  normal  0.0790705 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0333  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000137856  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4044  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000141034  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4429  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000053467  hitchhiker  0.0000280733 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3846  preprotein translocase, SecE subunit  49.15 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4469  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000281914  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  54.29 
 
 		 127 aa  42  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  31.91 
 
 		 130 aa  42  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3737  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 		 127 aa  42  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0347  preprotein translocase subunit SecE  37.04 
 
 		 59 aa  42  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000107715  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1513  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 		 60 aa  41.6  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000908707  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3891  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 		 127 aa  41.2  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00311904  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1825  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  32.76 
 
 		 60 aa  41.2  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  35.29 
 
 		 115 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  51.43 
 
 		 127 aa  40.4  0.008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  31.82 
 
 		 83 aa  40  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0266  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  41.3 
 
 		 115 aa  40.4  0.009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00308098  hitchhiker  0.00137847 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4526  preprotein translocase, SecE subunit  40.98 
 
 		 210 aa  40.4  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>