132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3996 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  100 
 
 
126 aa  247  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  100 
 
 
126 aa  247  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  93.65 
 
 
126 aa  213  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  70.48 
 
 
103 aa  141  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  71.29 
 
 
101 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3846  preprotein translocase, SecE subunit  65.31 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  62.3 
 
 
63 aa  82.4  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  61.67 
 
 
65 aa  80.9  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  61.02 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  60 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  56.67 
 
 
63 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  55 
 
 
63 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  58.33 
 
 
63 aa  77.4  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  59.32 
 
 
62 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  57.63 
 
 
62 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  54.84 
 
 
66 aa  75.1  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  53.23 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  42.68 
 
 
85 aa  74.3  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  54.84 
 
 
104 aa  73.6  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  59.62 
 
 
52 aa  72.4  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  53.33 
 
 
64 aa  65.1  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  46.03 
 
 
65 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  49.21 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  49.15 
 
 
81 aa  64.3  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  48.39 
 
 
65 aa  63.9  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  44.44 
 
 
79 aa  62.8  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  44.44 
 
 
79 aa  61.6  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  50.94 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  47.46 
 
 
66 aa  60.5  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  49.12 
 
 
63 aa  59.7  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  48.48 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  48.39 
 
 
66 aa  60.1  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  53.33 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  53.33 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  53.7 
 
 
63 aa  58.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  45.9 
 
 
64 aa  58.5  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  47.06 
 
 
126 aa  55.1  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  43.33 
 
 
64 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  45.16 
 
 
76 aa  55.1  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  43.33 
 
 
64 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  43.33 
 
 
64 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  43.33 
 
 
64 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1449  preprotein translocase subunit SecE  42.31 
 
 
83 aa  53.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  45.1 
 
 
125 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  50.91 
 
 
83 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  48.33 
 
 
65 aa  52.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  35.11 
 
 
115 aa  51.6  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2973  preprotein translocase subunit SecE  45.76 
 
 
126 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0282  SecE subunit of protein translocation complex  39.29 
 
 
132 aa  48.5  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632695  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2872b  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
125 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00131077  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3340  preprotein translocase subunit SecE  44.07 
 
 
126 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  40.74 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3320  preprotein translocase subunit SecE  45.61 
 
 
126 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160512  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 
130 aa  47.8  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3040  preprotein translocase subunit SecE  44.07 
 
 
126 aa  47.8  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.078937 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  40.74 
 
 
127 aa  47.8  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 
66 aa  47  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3195  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0644038  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002167  preprotein translocase subunit SecE  37.31 
 
 
126 aa  45.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000092259  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0300  preprotein translocase subunit SecE  41.54 
 
 
126 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2647  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00996997  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3792  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000246891  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3184  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000113463  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1908  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000286812  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3760  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000111945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3822  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0436537  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3463  preprotein translocase subunit SecE  43.86 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000635394  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0040  preprotein translocase, SecE subunit  43.1 
 
 
125 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122423  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00231  preprotein translocase subunit SecE  37.31 
 
 
126 aa  45.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3658  preprotein translocase subunit SecE  41.54 
 
 
126 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000015215  hitchhiker  0.000000741444 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  34.55 
 
 
62 aa  44.7  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0592  preprotein translocase, SecE subunit  41.07 
 
 
125 aa  44.7  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000922511  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0266  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  39.19 
 
 
115 aa  44.3  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00308098  hitchhiker  0.00137847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0253  preprotein translocase subunit SecE  40.68 
 
 
126 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0223726  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3351  preprotein translocase subunit SecE  44.83 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.558222  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3866  preprotein translocase subunit SecE  42.11 
 
 
127 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  8.21747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2804  preprotein translocase subunit SecE  42.11 
 
 
127 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000191785  normal  0.0790705 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0333  preprotein translocase subunit SecE  42.11 
 
 
127 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000137856  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0262  preprotein translocase subunit SecE  40.68 
 
 
126 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000233394  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2854  preprotein translocase subunit SecE  38.46 
 
 
126 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.060593  normal  0.309086 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03857  translocase  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000542011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4014  preprotein translocase, SecE subunit  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000048748  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03810  hypothetical protein  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000544894  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5446  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000383194  hitchhiker  0.0067856 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4214  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.05954e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4520  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4044  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000141034  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4429  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000053467  hitchhiker  0.0000280733 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4469  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000281914  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0392  preprotein translocase subunit SecE  51.92 
 
 
115 aa  42.7  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00699813 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3082  preprotein translocase subunit SecE  42.11 
 
 
126 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000345525  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0445  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
83 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0191  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.5  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000178123  normal  0.246715 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0204  preprotein translocase subunit SecE  41.38 
 
 
127 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00011223  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4357  preprotein translocase, SecE subunit  32.89 
 
 
84 aa  43.5  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0271  preprotein translocase subunit SecE  42.11 
 
 
127 aa  43.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179127  normal  0.0228965 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0235  preprotein translocase subunit SecE  40.35 
 
 
126 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0172434  normal  0.0123007 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0313  preprotein translocase subunit SecE  40.35 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000158246  normal  0.139 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0036  preprotein translocase, SecE subunit  39.71 
 
 
125 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000011246  hitchhiker  0.000000000049909 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  44.44 
 
 
60 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>