100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0741 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  100 
 
 		 81 aa  165  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  56.25 
 
 		 66 aa  84.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  59.32 
 
 		 64 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  61.02 
 
 		 64 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  61.02 
 
 		 64 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  61.02 
 
 		 64 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  54.1 
 
 		 65 aa  77  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  53.97 
 
 		 63 aa  76.6  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  67.21 
 
 		 65 aa  76.6  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  55 
 
 		 66 aa  73.6  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  55.93 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  52.63 
 
 		 62 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  54.39 
 
 		 63 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  50.85 
 
 		 63 aa  68.2  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 		 67 aa  67.4  0.00000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  49.15 
 
 		 63 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  43.48 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 		 66 aa  65.5  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  56 
 
 		 63 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  59.18 
 
 		 62 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  45.76 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  43.28 
 
 		 103 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  47.54 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  49.15 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  49.15 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  55.77 
 
 		 104 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  47.54 
 
 		 63 aa  62.8  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  54.17 
 
 		 63 aa  60.8  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  44.26 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  56.25 
 
 		 52 aa  59.7  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  60.47 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  56.45 
 
 		 66 aa  57  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  56.45 
 
 		 79 aa  57  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  56.45 
 
 		 79 aa  57  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  44.64 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  47.54 
 
 		 66 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  47.54 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  38.1 
 
 		 85 aa  53.9  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  39.22 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  43.55 
 
 		 66 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  39.62 
 
 		 63 aa  51.6  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  41.51 
 
 		 64 aa  50.4  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1742  preprotein translocase, SecE subunit  34.55 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1766  preprotein translocase, SecE subunit  34.55 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000113804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4015  preprotein translocase subunit SecE  32.79 
 
 		 83 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0367352  hitchhiker  0.00000028669 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  41.94 
 
 		 64 aa  49.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  37.74 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0636  preprotein translocase subunit SecE  32.26 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0204461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0267  preprotein translocase subunit SecE  30.65 
 
 		 74 aa  47.4  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00826635  normal  0.0562332 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  32.14 
 
 		 62 aa  46.2  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0849  preprotein translocase, SecE subunit  34.55 
 
 		 63 aa  46.6  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235049  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0468  preprotein translocase, SecE subunit  31.75 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000605579  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3846  preprotein translocase, SecE subunit  51.85 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0483  preprotein translocase, SecE subunit  31.75 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000407474  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2660  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  35.29 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.220907  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  31.34 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1110  preprotein translocase, SecE subunit  42.86 
 
 		 158 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.103006  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  54.84 
 
 		 67 aa  45.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  41.18 
 
 		 60 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0282  SecE subunit of protein translocation complex  32.31 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632695  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0853  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 		 51 aa  44.7  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000244118  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0092  preprotein translocase subunit SecE  35.48 
 
 		 60 aa  44.7  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5108  preprotein translocase, SecE subunit  46.15 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502951  normal  0.432233 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1449  preprotein translocase subunit SecE  32.31 
 
 		 83 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0613  preprotein translocase subunit SecE  53.33 
 
 		 61 aa  43.9  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000809702 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2168  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  29.41 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.124432  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1493  preprotein translocase, SecE subunit  35 
 
 		 63 aa  43.5  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.394674  normal  0.332847 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0096  preprotein translocase subunit SecE  33.87 
 
 		 60 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000178196  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4357  preprotein translocase, SecE subunit  32.89 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1182  preprotein translocase subunit SecE  31.37 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00132443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0445  preprotein translocase subunit SecE  30.99 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0592  preprotein translocase, SecE subunit  32.81 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000922511  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4682  SecE subunit of protein translocation complex  38 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000391505  hitchhiker  0.00819357 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  40.48 
 
 		 127 aa  42  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0194  preprotein translocase subunit SecE  43.48 
 
 		 135 aa  42  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000062993  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0356  preprotein translocase subunit SecE  34.25 
 
 		 123 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0381  preprotein translocase subunit SecE  34.25 
 
 		 123 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  32.61 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0351  preprotein translocase subunit SecE  32.73 
 
 		 63 aa  41.2  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000092456  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1022  preprotein translocase, SecE subunit  30.36 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0060109 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1513  preprotein translocase, SecE subunit  31.67 
 
 		 60 aa  41.2  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000908707  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0252  preprotein translocase, SecE subunit  30.16 
 
 		 66 aa  40.8  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310044  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3324  preprotein translocase, SecE subunit  36.96 
 
 		 84 aa  40.8  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00139323  normal  0.104735 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0201  preprotein translocase subunit SecE  35.19 
 
 		 122 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000633363  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1067  hypothetical protein  37.14 
 
 		 82 aa  40.8  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.882729 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2688  preprotein translocase, SecE subunit  31.48 
 
 		 73 aa  40.8  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00149434  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1042  preprotein translocase subunit SecE  34.88 
 
 		 73 aa  40.4  0.007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000810239  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1533  preprotein translocase, SecE subunit  34.69 
 
 		 89 aa  40.8  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000234675  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4322  preprotein translocase, SecE subunit  36.96 
 
 		 84 aa  40.8  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.101724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0640  preprotein translocase, SecE subunit  29.03 
 
 		 62 aa  40.8  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000226614  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1060  preprotein translocase, SecE subunit  37.78 
 
 		 124 aa  40.8  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168917  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2337  preprotein translocase subunit SecE  37.1 
 
 		 125 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0758592  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1055  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 		 64 aa  40.4  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.307784  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  25.86 
 
 		 62 aa  40.4  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2550  preprotein translocase subunit SecE  32.61 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000058162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0361  preprotein translocase, SecE subunit  37.21 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000871663  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  38.1 
 
 		 127 aa  40.4  0.009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0266  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  36.17 
 
 		 115 aa  40.4  0.009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00308098  hitchhiker  0.00137847 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2474  preprotein translocase subunit SecE  43.33 
 
 		 79 aa  40.4  0.009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000284861  decreased coverage  0.000974181 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1968  preprotein translocase subunit SecE  32.73 
 
 		 63 aa  40.4  0.009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.51744  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>