81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0972 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  100 
 
 		 66 aa  133  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  80 
 
 		 66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  80 
 
 		 66 aa  94  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  78.46 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  62.5 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  62.71 
 
 		 62 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  61.02 
 
 		 63 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  61.67 
 
 		 63 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  62.71 
 
 		 62 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  70.15 
 
 		 67 aa  81.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  56.25 
 
 		 101 aa  80.5  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  56.25 
 
 		 103 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  56.67 
 
 		 63 aa  77.8  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  56.67 
 
 		 63 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  66.15 
 
 		 66 aa  77.4  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  66.15 
 
 		 79 aa  77.4  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  64.62 
 
 		 79 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  56.67 
 
 		 63 aa  74.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  62 
 
 		 52 aa  73.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  55.56 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  49.21 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  49.21 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  50.79 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  51.67 
 
 		 63 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  52.38 
 
 		 65 aa  69.7  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  56.86 
 
 		 67 aa  68.6  0.00000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  52.46 
 
 		 64 aa  68.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  52.46 
 
 		 64 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  52.46 
 
 		 64 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  52.46 
 
 		 64 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  52.54 
 
 		 66 aa  67.4  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  51.72 
 
 		 63 aa  65.5  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  45 
 
 		 85 aa  63.9  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  50 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  43.55 
 
 		 65 aa  63.5  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  43.55 
 
 		 81 aa  63.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  47.54 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  39.34 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  38.1 
 
 		 64 aa  54.7  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  61.76 
 
 		 65 aa  53.9  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3846  preprotein translocase, SecE subunit  56.45 
 
 		 98 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  40.62 
 
 		 125 aa  51.2  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4289  preprotein translocase, SecE subunit  35.71 
 
 		 122 aa  50.4  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000573217  hitchhiker  0.00000222433 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  46.3 
 
 		 62 aa  49.7  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  42.59 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4015  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 		 83 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0367352  hitchhiker  0.00000028669 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  36 
 
 		 126 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0636  preprotein translocase subunit SecE  36.67 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0204461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0536  preprotein translocase subunit SecE  37.1 
 
 		 85 aa  47  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.310096  hitchhiker  0.00455289 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0381  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0356  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  36.51 
 
 		 127 aa  45.4  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  36.51 
 
 		 127 aa  45.4  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  39.62 
 
 		 115 aa  45.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  40.68 
 
 		 60 aa  46.2  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1766  preprotein translocase, SecE subunit  33.96 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000113804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1742  preprotein translocase, SecE subunit  33.96 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0592  preprotein translocase, SecE subunit  34.48 
 
 		 125 aa  44.3  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000922511  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0267  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 		 74 aa  43.5  0.0009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00826635  normal  0.0562332 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3340  preprotein translocase subunit SecE  41.82 
 
 		 126 aa  43.5  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  37.04 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  38.46 
 
 		 62 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2660  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  32.26 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.220907  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  46.67 
 
 		 63 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3324  preprotein translocase, SecE subunit  37.5 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00139323  normal  0.104735 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4322  preprotein translocase, SecE subunit  37.5 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.101724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3195  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0644038  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0408  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  40.82 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000649073  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1060  preprotein translocase, SecE subunit  40.38 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168917  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3040  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.078937 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3320  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 		 126 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1110  preprotein translocase, SecE subunit  48 
 
 		 158 aa  42  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.103006  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2973  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 		 126 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3351  preprotein translocase subunit SecE  42.86 
 
 		 115 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.558222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0504  preprotein translocase subunit SecE  42.86 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0361  preprotein translocase, SecE subunit  34.55 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000871663  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0040  preprotein translocase, SecE subunit  45.24 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122423  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2550  preprotein translocase subunit SecE  34.69 
 
 		 73 aa  40.8  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000058162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0282  SecE subunit of protein translocation complex  30.51 
 
 		 132 aa  40.4  0.008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632695  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0613  preprotein translocase subunit SecE  38.89 
 
 		 61 aa  40.4  0.009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000809702 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>