169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0613 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0613  preprotein translocase subunit SecE  100 
 
 
61 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000809702 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  81.97 
 
 
66 aa  103  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1055  preprotein translocase subunit SecE  76.27 
 
 
64 aa  85.5  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.307784  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  63.33 
 
 
60 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3341  preprotein translocase subunit SecE  73.33 
 
 
61 aa  77  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101417 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0920  preprotein translocase subunit SecE  71.67 
 
 
61 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0667  preprotein translocase subunit SecE  68.33 
 
 
60 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.986958  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  52.54 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2078  preprotein translocase, SecE subunit  45.76 
 
 
82 aa  60.1  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1449  preprotein translocase subunit SecE  47.46 
 
 
83 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2168  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  45.76 
 
 
86 aa  58.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.124432  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
62 aa  57.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  43.86 
 
 
115 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  44.64 
 
 
83 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2202  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618681  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  45 
 
 
63 aa  56.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2113  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 
135 aa  55.5  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307144  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0445  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 
83 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  40.98 
 
 
64 aa  52.8  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0096  preprotein translocase subunit SecE  38.89 
 
 
60 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000178196  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  47.27 
 
 
101 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  47.27 
 
 
103 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  38.89 
 
 
66 aa  51.6  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  43.64 
 
 
63 aa  51.2  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1513  preprotein translocase, SecE subunit  41.07 
 
 
60 aa  50.8  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000908707  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0092  preprotein translocase subunit SecE  40.74 
 
 
60 aa  50.4  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  47.27 
 
 
126 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  49.09 
 
 
126 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  47.27 
 
 
126 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0333  preprotein translocase subunit SecE  42.19 
 
 
127 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000137856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
63 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0135  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  48.9  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000169097  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  39.22 
 
 
81 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3866  preprotein translocase subunit SecE  42.19 
 
 
127 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  8.21747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0849  preprotein translocase, SecE subunit  39.62 
 
 
63 aa  49.3  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235049  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 
66 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2804  preprotein translocase subunit SecE  42.19 
 
 
127 aa  49.3  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000191785  normal  0.0790705 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 
76 aa  48.9  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
63 aa  48.9  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
63 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5211  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 
59 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209683  unclonable  2.82699e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0115  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 
59 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000539908  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03857  translocase  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000542011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4014  preprotein translocase, SecE subunit  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000048748  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0095  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000231467  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0095  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0089.1  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000332974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4044  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000141034  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4469  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000281914  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03810  hypothetical protein  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000544894  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0095  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000233788  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2872b  preprotein translocase subunit SecE  40.35 
 
 
125 aa  48.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00131077  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  31.15 
 
 
62 aa  48.1  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2688  preprotein translocase, SecE subunit  35.85 
 
 
73 aa  48.1  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00149434  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4429  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000053467  hitchhiker  0.0000280733 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0125  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000332702  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0191  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000178123  normal  0.246715 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5446  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000383194  hitchhiker  0.0067856 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4214  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.05954e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4520  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0271  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179127  normal  0.0228965 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0105  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.53288e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0090  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000140466  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4389  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000515047  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  40.74 
 
 
62 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4357  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000161707  normal  0.74438 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4479  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000837942  decreased coverage  0.00000000000000405738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4476  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000966143  hitchhiker  0.00190417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  37.04 
 
 
65 aa  47.8  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4553  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00306238  hitchhiker  0.000000000000770632 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  45.65 
 
 
65 aa  47.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3737  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  40.74 
 
 
63 aa  47.4  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0204  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.4  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00011223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3891  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00311904  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0199  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
127 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00725856  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0176  preprotein translocase subunit SecE  35 
 
 
60 aa  47.4  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.103844  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0194  preprotein translocase subunit SecE  39.62 
 
 
135 aa  47.4  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000062993  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0313  preprotein translocase, SecE subunit  38.89 
 
 
116 aa  47.4  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.663429  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0484  preprotein translocase, SecE subunit  38.89 
 
 
116 aa  47.4  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00122537  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  35 
 
 
66 aa  47.4  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  36.67 
 
 
63 aa  47  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04537  preprotein translocase subunit SecE  45.61 
 
 
103 aa  47  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0091  preprotein translocase subunit SecE  36.36 
 
 
63 aa  46.6  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.58206e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  36.67 
 
 
62 aa  46.2  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  36.21 
 
 
65 aa  46.6  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1630  preprotein translocase subunit SecE  42.59 
 
 
79 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0218  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  34.55 
 
 
64 aa  45.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1110  preprotein translocase, SecE subunit  46.81 
 
 
158 aa  45.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.103006  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0200  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  46.2  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185504  hitchhiker  0.0000981589 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4469  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4069  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432284  hitchhiker  0.00908786 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3772  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452492  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0183  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000157083  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0187  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000823053  hitchhiker  0.000548476 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0361  preprotein translocase, SecE subunit  41.82 
 
 
72 aa  45.8  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000871663  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0743  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 
137 aa  45.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000155718  normal  0.994892 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  37.04 
 
 
63 aa  45.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0157  preprotein translocase subunit SecE  38.6 
 
 
123 aa  45.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000628053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>