47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0688 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  100 
 
 
62 aa  120  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  38.98 
 
 
63 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  49.12 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0304  preprotein translocase, SecE subunit  46.55 
 
 
61 aa  51.2  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176051  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  40 
 
 
127 aa  50.4  0.000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  40.35 
 
 
63 aa  47.4  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  44.44 
 
 
83 aa  47  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  36.36 
 
 
126 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  33.33 
 
 
65 aa  45.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  36.67 
 
 
66 aa  45.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  34.55 
 
 
126 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  34.55 
 
 
126 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0194  preprotein translocase subunit SecE  32.08 
 
 
135 aa  44.7  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000062993  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 
63 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  38.18 
 
 
85 aa  43.9  0.0007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 
63 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 
62 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2872b  preprotein translocase subunit SecE  29.82 
 
 
125 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00131077  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 
63 aa  43.5  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  35.19 
 
 
66 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0381  preprotein translocase subunit SecE  42.86 
 
 
123 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1060  preprotein translocase, SecE subunit  36.84 
 
 
124 aa  42.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168917  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0356  preprotein translocase subunit SecE  42.86 
 
 
123 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0445  preprotein translocase subunit SecE  33.9 
 
 
83 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1110  preprotein translocase, SecE subunit  46.15 
 
 
158 aa  42  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.103006  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  35.19 
 
 
65 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  44.9 
 
 
115 aa  41.6  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  33.33 
 
 
64 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0252  preprotein translocase, SecE subunit  40.68 
 
 
66 aa  42  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310044  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0179  preprotein translocase, SecE subunit  35.59 
 
 
63 aa  41.2  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000111498  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1513  preprotein translocase, SecE subunit  37.29 
 
 
60 aa  41.2  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000908707  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  31.67 
 
 
63 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 
63 aa  41.6  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  31.58 
 
 
66 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0200  preprotein translocase subunit SecE  31.58 
 
 
123 aa  41.2  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185504  hitchhiker  0.0000981589 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  40.74 
 
 
125 aa  41.2  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  37.74 
 
 
60 aa  40.8  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  31.58 
 
 
63 aa  40.8  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0157  preprotein translocase subunit SecE  31.58 
 
 
123 aa  40.4  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000628053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 
62 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0135  preprotein translocase subunit SecE  28.07 
 
 
123 aa  40.4  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000169097  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  25.86 
 
 
81 aa  40.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0496  preprotein translocase, SecE subunit  26.32 
 
 
127 aa  40.4  0.009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1047  preprotein translocase, SecE subunit  31.94 
 
 
75 aa  40  0.01  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000568369  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  35.71 
 
 
101 aa  40  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0145  preprotein translocase subunit SecE  35.29 
 
 
123 aa  40  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000598149  normal  0.0330046 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>