112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3474 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  100 
 
 
63 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  90.48 
 
 
63 aa  117  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  88.89 
 
 
63 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  85.48 
 
 
62 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  83.87 
 
 
63 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  80.65 
 
 
62 aa  103  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  84.31 
 
 
52 aa  88.2  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  61.67 
 
 
103 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  61.67 
 
 
101 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  61.02 
 
 
63 aa  80.1  0.000000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  61.02 
 
 
66 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  56.67 
 
 
126 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  56.67 
 
 
126 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  56.67 
 
 
126 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  56.9 
 
 
66 aa  77.8  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  64.91 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  56.67 
 
 
63 aa  75.1  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  62.71 
 
 
66 aa  71.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  55.17 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  50.79 
 
 
76 aa  70.9  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  49.21 
 
 
64 aa  68.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  63.79 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  63.79 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  46.67 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  54.24 
 
 
104 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  56 
 
 
81 aa  65.9  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  54 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
64 aa  64.3  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  51.72 
 
 
64 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  51.72 
 
 
64 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  51.72 
 
 
64 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  49.12 
 
 
63 aa  61.6  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  62.71 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  49.15 
 
 
65 aa  61.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  55.93 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  55.93 
 
 
79 aa  60.8  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  55.93 
 
 
79 aa  60.5  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  51.67 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1543  preprotein translocase, SecE subunit  41.82 
 
 
115 aa  55.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.273014  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  37.1 
 
 
85 aa  53.9  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3846  preprotein translocase, SecE subunit  57.63 
 
 
98 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  44.44 
 
 
63 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  38.98 
 
 
64 aa  51.2  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  44.44 
 
 
83 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  38.89 
 
 
130 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  40 
 
 
66 aa  48.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  37.74 
 
 
126 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0592  preprotein translocase, SecE subunit  41.07 
 
 
125 aa  48.1  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000922511  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  37.93 
 
 
125 aa  48.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  37.5 
 
 
62 aa  46.2  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  38.89 
 
 
60 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03857  translocase  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000542011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4014  preprotein translocase, SecE subunit  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000048748  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3891  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00311904  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3737  preprotein translocase subunit SecE  36.67 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0204  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00011223  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0191  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000178123  normal  0.246715 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3866  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  8.21747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4214  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.05954e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4520  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0271  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179127  normal  0.0228965 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2804  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000191785  normal  0.0790705 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0333  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000137856  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4044  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000141034  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4429  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000053467  hitchhiker  0.0000280733 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0199  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00725856  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4469  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000281914  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4479  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000837942  decreased coverage  0.00000000000000405738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4476  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000966143  hitchhiker  0.00190417 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4357  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000161707  normal  0.74438 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4389  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000515047  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4553  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00306238  hitchhiker  0.000000000000770632 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03810  hypothetical protein  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000544894  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5446  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000383194  hitchhiker  0.0067856 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1449  preprotein translocase subunit SecE  37.74 
 
 
83 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0753  preprotein translocase subunit SecE  37.5 
 
 
114 aa  44.3  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4015  preprotein translocase subunit SecE  36 
 
 
83 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0367352  hitchhiker  0.00000028669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3351  preprotein translocase subunit SecE  46.51 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.558222  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0356  preprotein translocase subunit SecE  44.68 
 
 
123 aa  43.9  0.0008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0040  preprotein translocase, SecE subunit  35.82 
 
 
125 aa  43.9  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122423  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0381  preprotein translocase subunit SecE  44.68 
 
 
123 aa  43.5  0.0009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0688  putative SecE preprotein translocase subunit  33.33 
 
 
62 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.8362399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1055  preprotein translocase subunit SecE  40.74 
 
 
64 aa  42.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.307784  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  35.09 
 
 
127 aa  43.5  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0636  preprotein translocase subunit SecE  38.64 
 
 
81 aa  42.4  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0204461  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0194  preprotein translocase subunit SecE  37.74 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000062993  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0267  preprotein translocase subunit SecE  34.69 
 
 
74 aa  42.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00826635  normal  0.0562332 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00689  Preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
112 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000478021  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0468  preprotein translocase, SecE subunit  41.86 
 
 
65 aa  42  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000605579  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0849  preprotein translocase, SecE subunit  37.21 
 
 
63 aa  42  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000235049  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 
127 aa  41.6  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0853  preprotein translocase, SecE subunit  43.9 
 
 
51 aa  41.6  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000244118  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0483  preprotein translocase, SecE subunit  41.86 
 
 
65 aa  42  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000407474  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0282  SecE subunit of protein translocation complex  39.13 
 
 
132 aa  41.6  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632695  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0235  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
126 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0172434  normal  0.0123007 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3433  preprotein translocase subunit SecE  38.78 
 
 
126 aa  40.8  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00023001  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0266  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  41.3 
 
 
115 aa  40.8  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00308098  hitchhiker  0.00137847 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3340  preprotein translocase subunit SecE  38.18 
 
 
126 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2773  preprotein translocase subunit SecE  38.78 
 
 
126 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101762  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0262  preprotein translocase subunit SecE  38.78 
 
 
126 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000233394  normal  0.439523 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>