105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3778 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3778  cytosine permease  100 
 
 		 423 aa  828    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2351  cytosine permease  64.48 
 
 		 411 aa  502  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1584  cytosine permease  62.62 
 
 		 417 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0779  cytosine permease  63.03 
 
 		 421 aa  487  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.99673  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0801  cytosine permease  60.49 
 
 		 431 aa  474  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141599  normal  0.241333 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1641  cytosine permease  61.07 
 
 		 420 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18791  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2208  cytosine permease  59.17 
 
 		 421 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.739585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3187  cytosine permease  59.02 
 
 		 421 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1118  cytosine permease  60.58 
 
 		 441 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2529  cytosine permease  58.78 
 
 		 421 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0365158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2654  cytosine permease  59.27 
 
 		 421 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2333  cytosine permease  60.34 
 
 		 420 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  63.59 
 
 		 420 aa  464  1e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.27545  normal  0.552006 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1032  cytosine permease  60.34 
 
 		 441 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0601  cytosine permease  60.34 
 
 		 420 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0866  cytosine permease  60.34 
 
 		 441 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1833  cytosine permease  60.34 
 
 		 441 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0184024  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2453  cytosine permease  56.61 
 
 		 414 aa  381  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0863  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  45.78 
 
 		 440 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00980  purine-cytosine permease-like transporter  41.34 
 
 		 427 aa  281  1e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000566  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  40.69 
 
 		 412 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05320  cytosine permease  39.9 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00290  cytosine transporter  39.19 
 
 		 419 aa  264  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3270  NCS1 nucleoside transporter family  39.19 
 
 		 419 aa  264  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0360  cytosine permease  39.19 
 
 		 419 aa  264  3e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3289  cytosine permease  39.19 
 
 		 419 aa  264  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0367  cytosine permease  39.19 
 
 		 419 aa  264  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.506759 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0409  cytosine permease  39.19 
 
 		 419 aa  264  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00294  hypothetical protein  39.19 
 
 		 419 aa  264  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0401  cytosine permease  39.19 
 
 		 419 aa  263  4e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3524  cytosine permease  38.66 
 
 		 417 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3631  cytosine permease  38.59 
 
 		 425 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.822935 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3596  cytosine permease  38.19 
 
 		 417 aa  255  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05700  cytosine permease  39.18 
 
 		 416 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0539  cytosine permease  38.94 
 
 		 416 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0016  cytosine permease  38.02 
 
 		 417 aa  249  7e-65  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0630  cytosine permease  41.33 
 
 		 417 aa  249  8e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3693  cytosine permease  38.59 
 
 		 425 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3526  cytosine permease  38.59 
 
 		 449 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2802  cytosine permease  39.11 
 
 		 421 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.018065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2188  cytosine permease  37.9 
 
 		 421 aa  229  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1854  cytosine permease  38.4 
 
 		 395 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.382094  hitchhiker  0.0000028856 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.25 
 
 		 438 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.88 
 
 		 445 aa  132  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.22 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0815  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.01 
 
 		 438 aa  131  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0426  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.91 
 
 		 448 aa  130  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203282  normal  0.440595 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.22 
 
 		 431 aa  127  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1828  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.43 
 
 		 455 aa  126  9e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3201  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.65 
 
 		 424 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0157  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  26.23 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.489113  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  28.91 
 
 		 441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0413  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.27 
 
 		 432 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1725  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.77 
 
 		 434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2449  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.88 
 
 		 453 aa  113  6e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3367  putative cytosine permease  26.63 
 
 		 439 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130336  normal  0.0781791 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  28.46 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1591  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.16 
 
 		 456 aa  109  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1993  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.82 
 
 		 443 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.52 
 
 		 439 aa  104  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.7 
 
 		 438 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0862  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24 
 
 		 455 aa  96.7  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000967478  normal  0.747959 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3060  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.02 
 
 		 460 aa  94.4  3e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0650  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.92 
 
 		 472 aa  86.7  7e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0343903 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4197  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  23.9 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118639 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3467  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  21.13 
 
 		 439 aa  70.5  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  23.56 
 
 		 446 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03710  putative permease  23.38 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03659  hypothetical protein  23.38 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3297  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.82 
 
 		 520 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  22.1 
 
 		 503 aa  57  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3697  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.19 
 
 		 538 aa  56.2  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0676  NCS1 nucleoside transporter  24.75 
 
 		 486 aa  55.5  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.579692  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.4 
 
 		 479 aa  55.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.98 
 
 		 434 aa  53.5  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4713  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  27.32 
 
 		 427 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.244042 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2203  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.69 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.703215 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  22.44 
 
 		 503 aa  51.6  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4921  NCS1 nucleoside transporter  26.54 
 
 		 427 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0493  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.33 
 
 		 430 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  26.54 
 
 		 427 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3637  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.14 
 
 		 505 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.86 
 
 		 457 aa  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2463  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.76 
 
 		 435 aa  49.7  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291531  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4035  NCS1 nucleoside transporter  22.41 
 
 		 496 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1803  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  22.41 
 
 		 496 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666463  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1599  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  21.39 
 
 		 389 aa  49.3  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0130344  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4974  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  26.24 
 
 		 427 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0257  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.9 
 
 		 458 aa  48.5  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000119311  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  22.65 
 
 		 492 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  22.16 
 
 		 497 aa  47.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  23.46 
 
 		 502 aa  47  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  22.74 
 
 		 503 aa  47.4  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1111  NCS1 nucleoside transporter  22.44 
 
 		 494 aa  47  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.502762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5168  NCS1 nucleoside transporter family  25.69 
 
 		 524 aa  47  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.409771 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0569  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  22.93 
 
 		 392 aa  47  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369717  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  22.78 
 
 		 446 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  23.96 
 
 		 490 aa  46.2  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1985  NCS1 nucleoside transporter family  22.74 
 
 		 517 aa  46.2  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.671932  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  21.79 
 
 		 502 aa  45.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>